genetics पर टैग किए गए जवाब

मैं फीचर चयन और मशीन सीखने के बारे में थोड़ा भ्रमित हो रहा हूं और मैं सोच रहा था कि क्या आप मेरी मदद कर सकते हैं। मेरे पास एक माइक्रोएरे डेटासेट है जिसे दो समूहों में वर्गीकृत किया गया है और इसमें कई सुविधाएँ हैं। मेरा उद्देश्य हस्ताक्षर में …

76 machine-learning  classification  cross-validation  feature-selection  genetics 

दूसरे शब्दों में, निम्नलिखित पर आधारित है, पी क्या है? मानवविज्ञान या सामाजिक विज्ञान के बजाय इसे गणित की समस्या बनाने के लिए और समस्या को सरल बनाने के लिए, यह मान लें कि साथियों को आबादी में समान संभावना के साथ चुना जाता है, सिवाय इसके कि भाई-बहन और …

26 probability  stochastic-processes  genetics 

मेरे पास बहुत सारे परीक्षणों से मूल्य हैं और यह जानना चाहेंगे कि क्या कई परीक्षण के लिए सही होने के बाद वास्तव में कुछ महत्वपूर्ण है। जटिलता: मेरे परीक्षण स्वतंत्र नहीं हैं। मैं जिस विधि के बारे में सोच रहा हूं (फिशर के उत्पाद विधि का एक प्रकार, ज़ेकिन …

24 correlation  multiple-comparisons  statistical-significance  genetics 

परिशुद्धता के रूप में परिभाषित किया गया है: p = true positives / (true positives + false positives) क्या यह सही है, जैसा कि true positivesऔर false positivesदृष्टिकोण 0, सटीक दृष्टिकोण 1? याद करने के लिए एक ही सवाल: r = true positives / (true positives + false negatives) मैं …

20 precision-recall  data-visualization  logarithm  references  r  networks  data-visualization  standard-deviation  probability  binomial  negative-binomial  r  categorical-data  aggregation  plyr  survival  python  regression  r  t-test  bayesian  logistic  data-transformation  confidence-interval  t-test  interpretation  distributions  data-visualization  pca  genetics  r  finance  maximum  probability  standard-deviation  probability  r  information-theory  references  computational-statistics  computing  references  engineering-statistics  t-test  hypothesis-testing  independence  definition  r  censoring  negative-binomial  poisson-distribution  variance  mixed-model  correlation  intraclass-correlation  aggregation  interpretation  effect-size  hypothesis-testing  goodness-of-fit  normality-assumption  small-sample  distributions  regression  normality-assumption  t-test  anova  confidence-interval  z-statistic  finance  hypothesis-testing  mean  model-selection  information-geometry  bayesian  frequentist  terminology  type-i-and-ii-errors  cross-validation  smoothing  splines  data-transformation  normality-assumption  variance-stabilizing  r  spss  stata  python  correlation  logistic  logit  link-function  regression  predictor  pca  factor-analysis  r  bayesian  maximum-likelihood  mcmc  conditional-probability  statistical-significance  chi-squared  proportion  estimation  error  shrinkage  application  steins-phenomenon 

में जीनोम चौड़ा संघ के अध्ययन (GWAS): प्रमुख घटक क्या हैं? उनका उपयोग क्यों किया जाता है? उनकी गणना कैसे की जाती है? क्या पीसीए का उपयोग किए बिना जीनोम-वाइड एसोसिएशन अध्ययन किया जा सकता है?

20 pca  genetics  gwas 

जीन अभिव्यक्ति में माइक्रोएरे का उपयोग करते हुए अध्ययन किया जाता है, तीव्रता डेटा को सामान्य किया जाना चाहिए ताकि तीव्रता को व्यक्तियों के बीच, जीन के बीच तुलना की जा सके। वैचारिक रूप से और एल्गोरिथ्म में, "क्वांटाइल सामान्यीकरण" कैसे काम करता है, और आप इसे एक गैर-सांख्यिकीविद् को …

15 genetics  normalization  microarray 

उम्मीद है कि इन मंचों पर कोई व्यक्ति जीन अभिव्यक्ति अध्ययन में इस बुनियादी समस्या से निपटने में मेरी मदद कर सकता है। मैंने एक प्रायोगिक और एक नियंत्रण ऊतक की गहरी अनुक्रमण किया। मैंने तब नियंत्रण में प्रायोगिक नमूने में जीन के गुना संवर्धन मूल्यों को प्राप्त किया। संदर्भ …

13 r  genetics  bioinformatics  microarray  biostatistics 

जैविक पृष्ठभूमि समय के साथ, कुछ पौधों की प्रजातियां अपने पूरे जीनोम की नकल करती हैं, प्रत्येक जीन की एक अतिरिक्त प्रति प्राप्त करती हैं। इस सेटअप की अस्थिरता के कारण, इन जीनों में से कई को हटा दिया जाता है, और जीनोम खुद को फिर से व्यवस्थित करता है …

11 generalized-linear-model  contingency-tables  fishers-exact  genetics  bioinformatics 

अगर मैं अनुमान लगाता हूं कि एक जीन हस्ताक्षर पुनरावृत्ति के कम जोखिम वाले विषयों की पहचान करेगा, जो कि 0.5% (0.5 का खतरा अनुपात) की आबादी के 20% में घटना की दर में कमी है और मैं पूर्वव्यापी अध्ययन से नमूने का उपयोग करने का इरादा रखता है नमूना …

11 survival  power-analysis  genetics 

एक आनुवांशिक संघ अध्ययन में कोवरिएट्स के रूप में उम्र और उम्र-वर्ग का उपयोग क्यों करेगा? मैं उम्र के उपयोग को समझ सकता हूं अगर इसे एक महत्वपूर्ण कोवरिएट के रूप में पहचाना गया है, लेकिन मैं उम्र-वर्ग के उपयोग के रूप में नुकसान में हूं।

11 multiple-regression  polynomial  predictor  bioinformatics  genetics 

मैं संक्षेप में प्रस्तुत करने के लिए क्या मैं अब तक उच्च आयामी डेटा सेट के साथ दंडित मल्टीवेरिएट विश्लेषण में समझा कोशिश कर रहा हूँ, और मैं अभी भी का एक उचित परिभाषा हो रही के माध्यम से संघर्ष नरम थ्रेशोल्डिंग बनाम कमंद (या ) दण्डनीय ठहराए।एल1L1L_1 अधिक सटीक …

11 multivariate-analysis  lasso  feature-selection  genetics 

मेरे पास एक मैट्रिक्स है, जहां जीन की संख्या है और रोगियों की संख्या है। जिस किसी ने भी इस तरह के डेटा के साथ काम किया है, वह जानता है कि हमेशा से बड़ा होता है । सुविधा चयन का उपयोग करके मैंने को एक अधिक उचित संख्या में …

10 correlation  pca  genetics  covariance  distance-functions 

मेरे पास जीनोम-वाइड एसोसिएशन अध्ययन से दो डेटासेट हैं। उपलब्ध एकमात्र जानकारी ऑड्स अनुपात और पहले डेटा सेट के लिए पी-मान है। दूसरे डेटा सेट के लिए मेरे पास ऑड्स रेशियो, पी-वैल्यू और एलील फ्रिक्वेंसी (एएफडी = बीमारी, एएफसी = कंट्रोल) (जैसे: 0.321) है। मैं इन आंकड़ों का मेटा-विश्लेषण करने …

10 meta-analysis  genetics 

प्रत्येक से समन्वयित iid के साथ 10,000-आयामी स्थान में 20 यादृच्छिक अंक लें एन( 0 , 1 )एन(0,1)\mathcal N(0,1)। उन्हें 10 जोड़े ("जोड़े") में विभाजित करें और डेटासेट में प्रत्येक जोड़ी ("एक बच्चा") का औसत जोड़ें। फिर परिणामी 30 बिंदुओं पर पीसीए करें और पीसी 1 बनाम पीसी 2 प्लॉट …

9 pca  python  high-dimensional  genetics  gwas 

मेरे पास जीनोम-वाइड एसोसिएशन अध्ययन से दो डेटासेट हैं। उपलब्ध एकमात्र जानकारी प्रत्येक जीनोटाइप वाले एसएनपी के लिए विषम अनुपात और उनके आत्मविश्वास अंतराल (95%) हैं। मेरी इच्छा है कि मैं इन दो बाधाओं अनुपातों की तुलना करते हुए एक वन प्लॉट उत्पन्न करूं, लेकिन मुझे सारांश प्रभावों की कल्पना …

9 confidence-interval  meta-analysis  genetics  odds-ratio