molecular-dynamics पर टैग किए गए जवाब

मैं जानना चाहूंगा कि क्या ओक्टेव में दो वैक्टर की यूक्लिडियन दूरी की गणना करने का एक त्वरित तरीका है। ऐसा लगता है कि उसके लिए कोई विशेष कार्य नहीं है, तो क्या मुझे सिर्फ सूत्र का उपयोग करना चाहिए sqrt?

18 octave  discretization  nonlinear-equations  newton-method  visualization  fluid-dynamics  mesh-generation  finite-element  finite-volume  optimization  algorithms  approximation  fluid-dynamics  navier-stokes  comsol  modeling  optimization  sparse-matrix  matrix  condition-number  visualization  matlab  quadrature  blas  intel-mkl  finite-element  gpu  discontinuous-galerkin  mathematica  optimization  convex-optimization  algorithms  reference-request  matlab  statistics  finite-element  numerical-analysis  petsc  molecular-dynamics  machine-learning  statistics  visualization  open-source  statistics  image-processing  visualization  python  petsc  finite-element  fluid-dynamics  stability  navier-stokes  incompressible 

मैंने एक उबंटू लिनक्स क्लस्टर पर आणविक डायनामिक्स (एमडी) कोड जीआरएमएसीएस चलाया है जिसमें 24 इंटेल एक्सॉन सीपीयू वाले नोड्स हैं। मेरी खास बात यह है कि फ्लोटिंग पॉइंट अंकगणितीय परिशुद्धता के प्रति कुछ हद तक संवेदनशील है, इसलिए मुझे डबल परिशुद्धता की उच्च कम्प्यूटेशनल लागत के बावजूद, एकल परिशुद्धता …

17 hpc  floating-point  molecular-dynamics  gpu 

मैं Gromacs और DL_POLY जैसे कई सॉफ्टवेयर पैकेजों का उपयोग करके आणविक गतिकी (MD) सिमुलेशन चला रहा हूं। Gromacs अब कण अपघटन और डोमेन अपघटन एल्गोरिदम दोनों का समर्थन करता है। डिफ़ॉल्ट रूप से, Gromacs सिमुलेशन डोमेन अपघटन का उपयोग करते हैं, हालांकि कई सालों तक, हाल ही में, कण …

15 parallel-computing  efficiency  molecular-dynamics  simulation 

मैं आणविक गतिशीलता (एमडी) सिमुलेशन के लिए नया हूं। सिमुलेशन समय के संदर्भ में आणविक गतिशीलता सिमुलेशन की जटिलता क्या है? दूसरे शब्दों में, यदि मैं 10 नैनोसेकंड से सिम्युलेटेड समय को 20 नैनोसेकंड तक बढ़ाना चाहता हूं, तो मैं रनटाइम में वृद्धि के संदर्भ में क्या उम्मीद कर सकता …

14 molecular-dynamics  complexity 

ऐसी प्रणाली में जहां ऊर्जा को सैद्धांतिक रूप से संरक्षित किया जाना चाहिए, सबसे सटीक सिमुलेशन ऊर्जा का संरक्षण करेगा (साथ ही सटीक स्थिति, वेग और आदि दे रहा है)। RK4 लीपफ्रॉग से अधिक सटीक है, फिर भी लीपफ्रॉग ऊर्जा का संरक्षण करता है और RK4 नहीं करता है। ऐसा …

13 computational-physics  time-integration  molecular-dynamics  runge-kutta 

मैं परीक्षण प्रयोजनों के लिए पानी के आणविक गतिशीलता सिमुलेशन चला रहा हूं। यदि आप एक डीएफटी आदमी से पूछते हैं, तो बॉक्स काफी छोटा है, अगर आप शास्त्रीय एमडी से चलने वाले व्यक्ति और अपेक्षाकृत बड़े से पूछते हैं, तो मेरे पास आवधिक सीमा की स्थिति में 58 पानी …

9 molecular-dynamics  density-functional-theory