शास्त्रीय एमडी से एबी इनिटियो एमडी शुरू करने के तरीके


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मैं परीक्षण प्रयोजनों के लिए पानी के आणविक गतिशीलता सिमुलेशन चला रहा हूं। यदि आप एक डीएफटी आदमी से पूछते हैं, तो बॉक्स काफी छोटा है, अगर आप शास्त्रीय एमडी से चलने वाले व्यक्ति और अपेक्षाकृत बड़े से पूछते हैं, तो मेरे पास आवधिक सीमा की स्थिति में 58 पानी के अणु हैं।

CPU समय बचाने के लिए, मैं ab inioio MD चलाने से पहले अपने सेल को शास्त्रीय बल क्षेत्र के साथ अनुकूलित कर रहा हूं। मैं सिस्टम को क्लासिक रूप से 1K के लिए 300K पर संतुलित करता हूं, फिर अंतिम स्नैपशॉट लें और इसे ab initio MD के लिए इनपुट के रूप में उपयोग करें। मेरा एब इनिटियो एमडी नियमित रूप से डीएफटी-आधारित बोर्न-ओपेनहाइमर एमडी है जिसमें एक विमान तरंग आधार सेट और पीएडब्ल्यू (छद्म) क्षमता (वीएएसपी कोड है)। शास्त्रीय और ab initio दोनों प्रकार के सिमुलेशन में मैं तापमान-वेग को 300K पर वेग-रिस्क्लोज़िंग थर्मोस्टेट का उपयोग करके रख रहा हूँ।

मैं शास्त्रीय और ab initio के बीच संक्रमण करने के लिए दो अलग-अलग तरीकों का सर्वेक्षण कर रहा हूं:

  1. शास्त्रीय प्रक्षेपवक्र से प्रारंभिक वेगों और पदों को लें और उन्हें अब इनिटियो सिमुलेशन के लिए प्रारंभिक कॉन्फ़िगरेशन के रूप में आयात करें
  2. शास्त्रीय स्थितियों को ध्यान में रखते हुए तापमान को शून्य करने के लिए सिस्टम को फ्रीज करें, उसे डीएफटी कोड में आयात करें, फिर जल्दी से (मैं इसे फिलहाल 0.5 पीएस में कर रहा हूं) 300K तक गरम करें

मैं उम्मीद कर रहा था कि दोनों रणनीतियाँ संक्षिप्त (10 पीएस) संतुलन अवधि के बाद समान औसत ऊर्जा का नेतृत्व करेंगी, विशेष रूप से यह देखते हुए कि शुरुआती कॉन्फ़िगरेशन बिल्कुल समान है (समान प्रारंभिक स्थिति) उल्लेखित तापमान चाल को छोड़कर (प्रारंभिक वेग भिन्न होते हैं) । यह मामला नहीं है। नीचे दिए गए आंकड़े से पता चलता है कि सिमुलेशन जहां सिस्टम जमे हुए है और फिर जल्दी से गर्म हो जाता है, एक ऊर्जा क्षेत्र को दूसरे ईवी के मुकाबले ऊर्जा में लगभग 1 ईवी कम पाता है, जहां वेग जहां शास्त्रीय एमडी से आयात किया जाता है।

यहां छवि विवरण दर्ज करें

मेरे प्रश्न हैं:

  1. क्या यह उम्मीद की जानी है;
  2. शास्त्रीय से अब तक initio MD में संक्रमण को अनुकूलित करने के लिए सफल रणनीति ज्ञात हैं;
  3. और क्या आप मुझे इस मामले पर प्रासंगिक साहित्य की ओर इशारा कर सकते हैं?

संपादित करें:

मैं इस समय कुछ और परीक्षण चला रहा हूं और मेरे पास मौजूद सीमित डेटा के बावजूद- ऐसा लगता है कि यह एक सिस्टम-विशिष्ट समस्या हो सकती है। एक ही आकार के एक बॉक्स में पानी के बजाय मेथनॉल के साथ एक परीक्षण से पता चला है कि दो अलग-अलग प्रारंभिक वेग योजनाएं एक ही औसत ऊर्जा में जल्दी से जुट जाती हैं। हालांकि, मेथनॉल के मामले में शास्त्रीय विन्यास क्वांटम एक के बहुत करीब था, अर्थात, टी = 0 पर ऊर्जा अभिसरण के बाद औसत ऊर्जा के बहुत करीब थी। पानी एक कुख्यात कठिन प्रणाली है, इसलिए शायद यह समस्या कमोबेश पानी की है। यदि कोई उत्तर नहीं जोड़ा जाता है, तो मैं सभी परिणामों के साथ एक बार अपने परिणामों के आधार पर कोशिश करूंगा और पोस्ट करूंगा।

जवाबों:


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एक छोटी (10 पीएस के बाद) संतुलन अवधि

  1. आप स्वयं कहते हैं कि पुन: संतुलन अवधि 'छोटी' है। क्या आपने यह देखने के लिए लंबे समय तक प्रतीक्षा करने की कोशिश की है कि क्या दो री-इनिशियलाइज्ड सिस्टम कन्वर्ज करते हैं , और यदि ऐसा है तो किस दर पर?
  2. वेलोसिटी-रीकॉलिंग एक कुख्यात भोली थर्मोस्टेट है। शायद आप इसे कुछ अधिक यथार्थवादी के साथ बदल सकते हैं? (बेरेन्डसेन, नाक-हूवर, आदि)
  3. यदि आप एक 'बड़ी' प्रणाली के नमूने के बारे में चिंतित हैं, तो आप आपके लिए एर्गोडिक सिद्धांत और समानांतर कंप्यूटिंग कार्य कर सकते हैं: अपने शास्त्रीय प्रक्षेपवक्र की पूंछ से कई पुनः आरंभिक अहसास का नमूना लें (शास्त्रीय रूप से जटिल प्रणाली के स्नैपशॉट ले) । फिर आप अपने क्वांटम कोड के कई उदाहरणों को चला सकते हैं, प्रत्येक एक अलग पुन: आरंभीकरण चरण-स्थान कॉन्फ़िगरेशन का उपयोग कर सकते हैं, और आउटपुट औसत कर सकते हैं। चूंकि अलग-अलग अहसास एक-दूसरे से स्वतंत्र रूप से विकसित होते हैं, इसलिए अनुकरण शर्मनाक ढंग से समानांतर होते हैं

क्षमा करें, मैं किसी भी आधिकारिक स्रोत की पेशकश नहीं कर सकता ...

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