मेरे पास एक परीक्षण का डेटा है जिसे सामान्य और ट्यूमर कोशिकाओं को भेद करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है। आरओसी वक्र के अनुसार यह इस उद्देश्य के लिए अच्छा लगता है (वक्र के तहत क्षेत्र 0.9 है):
मेरे प्रश्न हैं:
- इस परीक्षण और इसके आत्मविश्वास अंतराल के लिए कटऑफ बिंदु का निर्धारण कैसे करें जहां रीडिंग को अस्पष्ट माना जाना चाहिए?
- इसका उपयोग करने का सबसे अच्छा तरीका क्या है (उपयोग करना
ggplot2)?
ग्राफ़ का उपयोग ROCRऔर ggplot2पैकेज प्रदान किया गया है:
#install.packages("ggplot2","ROCR","verification") #if not installed yet
library("ggplot2")
library("ROCR")
library("verification")
d <-read.csv2("data.csv", sep=";")
pred <- with(d,prediction(x,test))
perf <- performance(pred,"tpr", "fpr")
auc <-performance(pred, measure = "auc")@y.values[[1]]
rd <- data.frame(x=perf@x.values[[1]],y=perf@y.values[[1]])
p <- ggplot(rd,aes(x=x,y=y)) + geom_path(size=1)
p <- p + geom_segment(aes(x=0,y=0,xend=1,yend=1),colour="black",linetype= 2)
p <- p + geom_text(aes(x=1, y= 0, hjust=1, vjust=0, label=paste(sep = "", "AUC = ",round(auc,3) )),colour="black",size=4)
p <- p + scale_x_continuous(name= "False positive rate")
p <- p + scale_y_continuous(name= "True positive rate")
p <- p + opts(
axis.text.x = theme_text(size = 10),
axis.text.y = theme_text(size = 10),
axis.title.x = theme_text(size = 12,face = "italic"),
axis.title.y = theme_text(size = 12,face = "italic",angle=90),
legend.position = "none",
legend.title = theme_blank(),
panel.background = theme_blank(),
panel.grid.minor = theme_blank(),
panel.grid.major = theme_line(colour='grey'),
plot.background = theme_blank()
)
p
data.csv में निम्नलिखित डेटा शामिल हैं:
x;group;order;test
56;Tumor;1;1
55;Tumor;1;1
52;Tumor;1;1
60;Tumor;1;1
54;Tumor;1;1
43;Tumor;1;1
52;Tumor;1;1
57;Tumor;1;1
50;Tumor;1;1
34;Tumor;1;1
24;Normal;2;0
34;Normal;2;0
22;Normal;2;0
32;Normal;2;0
25;Normal;2;0
23;Normal;2;0
23;Normal;2;0
19;Normal;2;0
56;Normal;2;0
44;Normal;2;0
