एक नमूना चर के साथ मिश्रित प्रभाव मॉडल डिजाइन


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मैं lme4अपने प्रयोगात्मक डिजाइन के लिए रैखिक मिश्रित प्रभाव मॉडल (के साथ ) के लिए एक सूत्र निर्दिष्ट करने की कोशिश कर रहा हूं, लेकिन मुझे यकीन नहीं है कि मैं इसे सही कर रहा हूं।

डिजाइन: मूल रूप से मैं पौधों पर प्रतिक्रिया पैरामीटर माप रहा हूं। मेरे पास उपचार के 4 स्तर हैं, और 2 सिंचाई स्तर हैं। पौधों को 16 भूखंडों में वर्गीकृत किया गया है, प्रत्येक भूखंड के भीतर मैं 4 उप-भूखंडों का नमूना लेता हूं। प्रत्येक उप-भूखंड में मैं 15 और 30 टिप्पणियों (पाया पौधों की संख्या के आधार पर) के बीच लेता हूं। यानी कुल 1500 पंक्तियाँ हैं।

यहाँ छवि विवरण दर्ज करें

प्रारंभ में सबप्लॉट स्तर सिर्फ नमूने के उद्देश्यों के लिए यहां था, लेकिन मैंने सोचा कि मैं इसे मॉडल (64-स्तरीय चर के रूप में) में लेना चाहूंगा क्योंकि मैंने देखा कि एक उप-भूखंड से दूसरे तक बहुत परिवर्तनशीलता थी , यहां तक ​​कि एक ही भूखंड के अंदर (पूरे भूखंडों के बीच परिवर्तनशीलता से अधिक)।

मेरा पहला विचार लिखना था:

library(lme4)
fit <- lmer(y ~ treatment*irrigation + (1|subplot/plot), data=mydata)

या

fit <- lmer(y ~ treatment*irrigation + (1|subplot) + (1|plot), data=mydata)

क्या वो सही है? मुझे यकीन नहीं है कि मुझे अपने फॉर्मूले में प्लॉट / सबप्लॉट का स्तर रखना चाहिए। कोई निश्चित प्रभाव महत्वपूर्ण नहीं है लेकिन यादृच्छिक प्रभाव बहुत महत्वपूर्ण हैं।

जवाबों:


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आपके मॉडल के रूप में लिखा जाना चाहिए

fit <- lmer(y ~ treatment*irrigation + (1|plot/subplot), data=mydata)

साइट के भीतर सबप्लॉट नेस्टेड हैं। हालाँकि (1|plot)+ (1|subplot)तब काम करेगा जब सबप्लॉट्स को विशिष्ट रूप से लेबल किया गया हो (जैसे 1 ए, 1 बी, 1 सी, ..., 2 ए, 2 बी, 2 सी, ए, बी, सी ..., ए, बी, सी)। फॉक्स एट अल से मेरी पुस्तक अध्याय पारिस्थितिक सांख्यिकी घोंसले के शिकार के उदाहरण का वर्णन करती है:

दूसरी तरफ, टिक उदाहरण में प्रत्येक चूजा केवल एक ही ब्रूड में होता है, और प्रत्येक ब्रूड केवल एक साइट में होता है: मॉडल विनिर्देशन (1 | SITE/BROOD/INDEX), "चिक (INDEX) के रूप में पढ़ा जाता है , जो साइट के भीतर नेस्टेड नेस्ट में निहित है," या समकक्ष (1 | SITE) + (1 | SITE:BROOD) + (1 | SITE:BROOD:INDEX)। यदि ब्रूड्स और चूजों को विशिष्ट रूप से लेबल किया जाता है, ताकि सॉफ़्टवेयर घोंसले के शिकार का पता लगा सके, तो (1 | SITE) + (1 | BROOD) + (1 | INDEX)यह भी काम करेगा (उपयोग न करें (1 | SITE) + (1 | SITE/BROOD) + (1 | SITE/BROOD/INDEX); यह मॉडल में अनावश्यक शब्दों को जन्म देगा)।

अन्य विचार:

  • नेस्टिंग और मॉडल विनिर्देशों के बारे में अधिक जानकारी http://glmm.wikidot.com/faq पर
  • क्या आपके सिंचाई उपचार वास्तव में व्यवस्थित हैं जैसा कि ऊपर योजनाबद्ध में दिखाया गया है, यानी गैर-अंतर्प्रेरित? या यह केवल चित्रमय प्रस्तुति की सुविधा के लिए है? यदि पूर्व, तो आपके पास एक संभावित समस्याग्रस्त प्रयोगात्मक डिजाइन है ...
  • चूंकि सबप्लॉट साइटों के भीतर घोंसले के शिकार होते हैं, इसलिए प्लॉट के साधनों को लेने और प्लॉट स्तर पर डेटा का विश्लेषण करने के लिए यह सिर्फ हीनतापूर्ण रूप से ठीक होगा ( मुर्टो 2007 पारिस्थितिकी "पारिस्थितिक डेटा विश्लेषण में सरलता" के बाद )।
  • इसके लायक क्या है, मुझे लगता है कि आप और भी आगे जा सकते हैं और भूखंड के स्तर को एकत्र कर सकते हैं; तब आप मिश्रित मॉडल को पूरी तरह से छोड़ सकते हैं और बस कर सकते हैंlm(y~treatment*irrigation, data=my_aggregated_data)

आपकी मदद के लिए धन्यवाद (मेरे पास 12h है +50 को अनलॉक करने के लिए प्रतीक्षा करने के लिए :( वास्तव में मैं अपने सबप्लॉट (4 या 64 अद्वितीय लेबल) के नामकरण के संबंध में बड़ा संदेह में था। आंकड़ा सही है: सिंचाई "यादृच्छिक" नहीं है, वह है) दुर्भाग्य से मैं सहमत हूं (उन्होंने मुझे बताया: "बहुत अलग तरीके से इसे करने के लिए"!)। लिंक के लिए धन्यवाद। एक और सवाल: मुझे एक अवशेष प्राप्त करने की साजिश अच्छी नहीं लग रही है: शंकु के आकार (इस तरह: "<"), त्रुटि। Y मानों के समानुपाती लगता है। क्या इस तरह के मॉडल में इसे ठीक करने का कोई तरीका है?
agenis

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सबसे स्पष्ट समाधान (और जो अक्सर अन्य समस्याओं को ठीक करता है) प्रतिक्रिया को बदलने के लिए है, सबसे अधिक बार लॉग-ट्रांसफ़ॉर्मिंग।
बेन बोल्कर
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