कम्प्यूटेशनल जीव विज्ञान के क्षेत्र में कुछ समस्याएं व्यावहारिक अनुप्रयोगों के लिए उपयुक्त लगती हैं जो कृत्रिम नहीं हैं - या कम से कम कृत्रिम के रूप में जुका सूमेला द्वारा वर्णित समस्याओं के रूप में नहीं हैं।
उदाहरण के लिए, लोग अक्सर एफ। अबू-खज़म, आर। कॉलिन्स, एम। फेलोज़, एम। लैंगस्टन, डब्ल्यू। सिटर्स सी। साइमन, वर्टेक्स कवर प्रॉब्लम के लिए कर्नेलाइजेशन एल्गोरिदम: थ्योरी एंड एक्सपेरिमेंट्स , 6 की कार्यवाही का उल्लेख करते हैं। एल्गोरिथम इंजीनियरिंग और प्रयोग (ALENEX), ACM / SIAM, प्रोक पर कार्यशाला। अनुप्रयुक्त गणित 115, 2004।
जैसा कि लेखकों ने कहा है, "जिन तरीकों से हमने अपने तरीकों को लागू किया है उनमें से एक में प्रोटीन डोमेन जानकारी के आधार पर फ़ाइलोजेनेटिक पेड़ ढूंढना शामिल है, ..." (उपरोक्त पेपर की धारा 8)।
लेखकों के एक उप-समूह के पास इस विषय पर समान पेपर हैं, उदाहरण के लिए, फैसल एन। अबू-खज़म, माइकल ए। लैंगस्टन, पुष्कर शांभग और क्रिस्टोफर टी। साइमन्स, फ़्लेबल प्रॉब्लम्स के लिए स्केलेबल पैरेलल एल्गोरिदम, अल्गोरिथमिका , वॉल्यूम 45, संख्या 3। , 269-284।
मुझे यकीन नहीं है कि प्रयोगों में इस्तेमाल किए गए उदाहरण वास्तविक दुनिया के उदाहरण थे या कृत्रिम, लेकिन मुझे उम्मीद है कि दो संदर्भ आपको एक अच्छा प्रारंभिक बिंदु देंगे।