मार्कोव श्रृंखला और छिपे हुए मार्कोव मॉडल सीखने के लिए संसाधन


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मार्कोव चेन और एचएमएम के बारे में जानने के लिए मैं संसाधनों (ट्यूटोरियल, पाठ्यपुस्तकों, वेबकास्ट आदि) की तलाश कर रहा हूं। मेरी पृष्ठभूमि एक जीवविज्ञानी के रूप में है, और मैं वर्तमान में एक जैव सूचना विज्ञान-संबंधित परियोजना में शामिल हूं।

इसके अलावा, मार्कोव मॉडल और एचएमएम की पर्याप्त समझ रखने के लिए मुझे आवश्यक गणितीय पृष्ठभूमि क्या है?

मैं Google का उपयोग करते हुए चारों ओर देख रहा हूं, लेकिन अभी तक मुझे एक अच्छा परिचयात्मक ट्यूटोरियल नहीं मिल पाया है। मुझे यकीन है कि यहाँ कोई बेहतर जानता है।


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शायद आपको अपने पोस्ट को एक सामुदायिक विकि बनाना चाहिए क्योंकि कोई सही उत्तर नहीं है।
csgillespie

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मैंने अभी इसे रूपांतरित किया है।

जवाबों:


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यहां कुछ ट्यूटोरियल दिए गए हैं (पीडीएफ के रूप में उपलब्ध):

  1. दुगाद और देसाई, छिपे हुए मार्कोव मॉडल पर एक ट्यूटोरियल
  2. वेलेरिया डी फोंजो 1, फिलिपो अलफी-पेंटिनी 2 और वेलेरियो पेरिसि (2007)। जैव सूचना विज्ञान में छिपे मार्कोव मॉडलवर्तमान जैव सूचना विज्ञान , 2 , 49-61।
  3. मानव डीएनए में जीन फाइंडिंग के साथ एप्लीकेशन के साथ स्मिथ, के। हिडन मार्कोव मॉडल

बायोकॉन्टर ट्यूटोरियल पर एक नज़र डालें ।

मुझे लगता है कि आप मुफ्त संसाधन चाहते हैं; अन्यथा, पोलांस्की और किमेल (स्प्रिंगर, 2007) से जैव सूचना विज्ञान एक अच्छा अवलोकन (§2.8-2.9) और अनुप्रयोग (भाग II) प्रदान करता है।


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ऑलिवर कैप्पे एट द्वारा एक बहुत अच्छी किताब भी है। अल: हिडन मार्कोव मॉडल में हस्तक्षेप । हालांकि, यह अनुप्रयोगों पर काफी सैद्धांतिक और बहुत हल्का है।

आर में उदाहरणों के साथ एक और पुस्तक है, लेकिन मैं इसे बर्दाश्त नहीं कर सका - टाइम सीरीज के लिए हिडन मार्कोव मॉडल

Ps वाक् पहचान समुदाय में इस विषय पर साहित्य का एक टन भी है।


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यह देखना काफी आश्चर्यजनक है कि कोई भी जवाब एचएमएम पर रैबिनर ट्यूटोरियल पेपर का उल्लेख नहीं करता है ।

जबकि व्यावहारिक कार्यान्वयन (कागज के बाद का हिस्सा) भाषण मान्यता पर केंद्रित है, यह पेपर संभवतः एचएमएम साहित्य में सबसे अधिक उद्धृत किया गया है, इसकी स्पष्ट और अच्छी तरह से प्रस्तुत प्रकृति के लिए धन्यवाद।

यह मार्कोव श्रृंखलाओं को शुरू करने से शुरू होता है और फिर एचएमएम पर जाता है।


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जैव सूचना विज्ञान अनुप्रयोगों के लिए, एचएमएम पर क्लासिक पाठ डर्बिन, एडी, क्रॉ एंड मिचिसन, " बायोलॉजिकल सीक्वेंस एनलिसिस - प्रोबायलिस्टिक मॉडल ऑफ प्रोटीन और न्यूक्लिक एसिड", कैम्ब्रिज यूनिवर्सिटी प्रेस, 1998, आईएसबीएन 0-521-62971-3 होगा। यह तकनीकी है, लेकिन बहुत स्पष्ट है और मुझे यह बहुत उपयोगी लगा।

MCMC के लिए रॉबर्ट और कैसला की एक हालिया (संस्करण) पुस्तक है, " आर के साथ मोंटे कार्लो मेथड्स का परिचय" , स्प्रिंगर, जो अच्छा लग रहा है, लेकिन मुझे अभी तक इसे पढ़ने का मौका नहीं मिला है (उदाहरण के लिए आर का उपयोग करता है,) जो सीखने का एक अच्छा तरीका है, लेकिन मुझे पहले आर सीखने की जरूरत है; ओ)


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पहले से ही अच्छे सुझाव, मैं निम्नलिखित लेखों को जोड़ना चाहूंगा जो सीन एडी द्वारा जीव विज्ञान में आवेदन के परिप्रेक्ष्य से एचएमएम का वर्णन करते हैं।


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मैंने वाल्टर ज़ुचिनी और इयान एल मैकडॉनल्ड द्वारा महान पुस्तक का उपयोग करके एचएमएम सीखा

टाइम सीरीज के लिए हिडन मार्कोव मॉडल: आर का उपयोग करते हुए एक परिचय

यह वास्तव में अच्छा है और आर में उदाहरण पेश करता है।


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केविन मर्फी द्वारा Matlab के लिए (HMM) टूलबॉक्स पर एक नज़र डालें और इस साइट पर HMMs पर अनुशंसित अनुशंसित अनुभाग भी देखें ।

मार्कोव चेन और एचएमएम का उपयोग करने के कुछ उदाहरणों के साथ आप माटलाब / ऑक्टेव के लिए प्रोबेबिलिस्टिक मॉडलिंग टूलकिट भी प्राप्त कर सकते हैं ।

आप उदाहरण के लिए HMM पर व्याख्यान और प्रयोगशालाएं भी देख सकते हैं:



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प्रिंसटन में रेमन वैन हैंडेल के कुछ नोट्स इस प्रकार हैं :

यह कोर्स छिपे हुए मार्कोव मॉडल के लिए कुछ बुनियादी गणितीय, सांख्यिकीय और कम्प्यूटेशनल विधियों का परिचय है।

पहले खंड में जीव विज्ञान, वित्त, में HMM के अनुप्रयोगों का एक अच्छा सेट शामिल है ...


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यहाँ मार्कोव चेन के लिए एक अच्छा इंटरैक्टिव परिचय है http://setosa.io/ev/markov-chains/


चूंकि प्रश्न मार्कोव चेन को सीखने के लिए संसाधनों के लिए पूछ रहा है, एक ट्यूटोरियल का लिंक यहां उपयुक्त है - यह उन मामलों में से एक है जहां हम आपके उत्तर को स्व-निहित होने की उम्मीद नहीं करेंगे और लिंक की सामग्री को पूरी तरह से संक्षिप्त करने का प्रयास करेंगे। - लेकिन यह बहुत बेहतर होगा यदि आप लिंक के साथ इस संसाधन को शामिल करते हुए थोड़ा सा विवरण दे सकें, जैसे कि यह किस स्तर पर है (किसी गणितीय पूर्वापेक्षाएँ?) और यह किन विषयों को कवर करता है।
सिल्वरफिश

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केवल 3 वीडियो हैं जिन्हें मैंने छिपे मार्कोव मॉडल के पीछे के गणित को समझने के लिए बहुत उपयोगी पाया है-

https://www.youtube.com/watch?v=E3qrns5f3Fw
https://www.youtube.com/watch?v=cjlhpaDXihE
https://www.youtube.com/watch?v=5sGEF-e82yY

ये वास्तव में अच्छे हैं और IIT krg के सर्वश्रेष्ठ भारतीय प्रोफेसरों द्वारा सिखाया जाता है।

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