मैं एक प्लॉट कैसे बना सकता हूं जो प्लॉट.बग्स और प्लॉट द्वारा निर्मित है। एक mcmc.list से। [बन्द है]

Question

लगता है कि R2WinBUGS :: कीड़े और R2jags: jags द्वारा उत्पन्न bugsऔर jagsवस्तुओं से अच्छा सारांश भूखंडों का उत्पादन करने में सक्षम है ।

हालांकि, मैं rjagsपैकेज का उपयोग कर रहा हूं । जब मैं परिणाम का rjags::coda.samplesउपयोग करके फ़ंक्शन के परिणामों की साजिश करने की कोशिश करता हूं R2WinBUGS::plot.mcmc.list, तो प्रत्येक पैरामीटर के लिए नैदानिक ​​भूखंड (पैरामीटर घनत्व, श्रृंखला समय श्रृंखला, ऑटोक्रॉलेशन) हैं।

नीचे एंड्रयू प्लोमैन के ट्यूटोरियल "रनिंग विनबग्स और आर से ओपनबग्स" से नीचे दिए गए प्लॉट का प्रकार है । इनका उपयोग करके उत्पादन किया गया था plot.pugs।

समस्या यह है कि plot.bugsएक bugsवस्तु को एक तर्क के रूप में लिया जाता है, जबकि एक plot.mcmc.listका उत्पादन होता है coda.samples।

यहाँ एक उदाहरण है (से coda.samples):

 library(rjags)
 data(LINE)
 LINE$recompile()
 LINE.out <- coda.samples(LINE, c("alpha","beta","sigma"), n.iter=1000)
 plot(LINE.out)

मुझे जो चाहिए वह है

• एक समान, सूचना-समृद्ध, एक-पेज सारांश प्लॉट उत्पन्न करने के लिए एक तरह से उत्पन्न plot.bugs
• एक फ़ंक्शन जो LINE.outबग ऑब्जेक्ट में परिवर्तित हो जाएगा या

Answer 1

चूंकि कोई जवाब नहीं है, मैं कम से कम पोस्ट करूंगा कि मैंने अब तक क्या प्राप्त किया है:

as.bugs.arrayमें समारोह R2WinBUGSपैकेज इस उद्देश्य के लिए बनाया गया था। प्रलेखन के अनुसार ( ?as.bugs.array):

मार्कोव श्रृंखला सिमुलेशन से परिणाम परिवर्तित करने वाले कार्य, जो कि बग वस्तु से BUGS से नहीं हो सकते हैं। मुख्य रूप से प्लॉट.बग्स के साथ परिणाम प्रदर्शित करने के लिए उपयोग किया जाता है।

इस प्रकार, LINE.outआपके उदाहरण से प्लॉट प्राप्त करना संभव है , हालांकि यह सही चर को प्लॉट नहीं करता है:

plot(as.bugs.array(sims.array = as.array(LINE.out)))        

इसे रूपांतरित करने के सही तरीके को निर्धारित करने के लिए थोड़ा और काम करना होगा LINE.out, और LINE.samplesऑब्जेक्ट example(jags.samples)को शुरू करने के लिए एक आसान स्थान हो सकता है।

Answer 2

निम्नलिखित मेरे लिए काम करता है:

require(R2jags)
m <-jags(data=d,inits=i,pars,n.iter=1000,n.chains=3,model.file="foo.txt",DIC=F)
m <- autojags(m)
plot(m)

यहाँ एक प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्य उदाहरण है:

example(jags)
plot(jagsfit)

Comments

यह एक सहायक सुराग है, लेकिन mcmc.list(जहाँ तक मैं बता सकता हूँ) के साथ शुरू करने की समस्या को हल नहीं करता है ।

— डेविड लेबॉउर