मीट्रिक ग्राफ सिद्धांत डेटाबेस खोज एल्गोरिदम


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मैं (धीरे ​​से) SIGACT न्यूज़ के लिए Chemoinformatics Algorithms की हैंडबुक की समीक्षा लिख ​​रहा हूँ । एक अध्याय वर्तमान सॉफ्टवेयर कार्यान्वयन पर चर्चा करता है, और डेटाबेस खोजों (और अन्य अनुप्रयोगों) को ग्राफ़ के बारे में उतनी जानकारी का लाभ नहीं लगता जितना वे कर सकते थे। दूसरी ओर, शायद अधिक सैद्धांतिक एल्गोरिदम को लागू करना बहुत कठिन होगा। यह एक संभावित खुले क्षेत्र की तरह लगता है, हालांकि।

तो यहाँ मेरा सवाल है:

क्या कोई अवलोकन (या संदर्भों का एक छोटा मुट्ठी भर) है जो मीट्रिक जानकारी के साथ ग्राफ़ के डेटाबेस के एल्गोरिदम के सिद्धांत और कार्यान्वयन (उम्मीद) पर चर्चा करता है? (प्रत्येक किनारे एक दूरी है, और प्रत्येक शीर्ष पर एक वॉल्यूम है।) एक केमिस्ट्री-मुक्त वर्णन एक उदाहरण की समस्या होगी: रेखांकन का एक डेटाबेस दिया, उन सभी को ढूंढें जिसमें एक विशेष उपसमूह होता है।


यह कितना महत्वपूर्ण है कि डेटाबेस में मीट्रिक जानकारी है? बायो डेटाबेस में भी ग्राफ़ डेटाबेस खोज पर बहुत सारे काम हैं, लेकिन मुझे वॉल्यूम / डिस्टेंस लेबल इश्यू के बारे में जानकारी नहीं है
सुरेश वेंकट सेप

मुझे एक-दो हफ्ते में आपके सवाल का जवाब पता चल जाएगा। जैव सूचना विज्ञान की समस्याओं के साथ समानताएं और अंतर मेरे लिए अभी तक स्पष्ट नहीं हैं।
हारून स्टर्लिंग

जवाबों:


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यह सबग्राफ आइसोमॉर्फिज्म समस्या से संबंधित प्रतीत होता है जो सामान्य एनपी-पूर्ण है, यहां तक ​​कि बिना किसी भार के। इसी विकिपीडिया लेख का दावा है कि इसे कुछ मामलों में कुशलता से हल किया जा सकता है।

यदि कीमो- जैव सूचना विज्ञान की तरह कुछ भी है, तो आप शोर से निपटने के लिए, शायद वैसे भी सन्निकटन एल्गोरिदम में रुचि रखेंगे। इसके अलावा, अनुप्रयोग के रूप में डेटाबेस लुकअप, प्रीप्रोसेसिंग के लिए चतुर विचार हो सकता है जो आपको अच्छे परिशोधन रनटाइम देता है।

मिला (पढ़ा नहीं) वो:

http://www.springerlink.com/content/4751121q3575v041/

http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/23/2/232.full

http://portal.acm.org/citation.cfm?id=1368898

अस्वीकरण : फिर से, टिप्पणी-शैली के जवाब के लिए खेद है; मुझे अभी तक टिप्पणी करने की अनुमति नहीं है।

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