जीन सूचियों के संवर्धन के लिए किस सांख्यिकीय परीक्षण का उपयोग किया जाना चाहिए?

Question

मैंने एक निश्चित डीएनए क्षति एजेंट को सेलुलर संवेदनशीलता का परीक्षण करने के लिए एक प्रयोग किया है। हमें 270 जीन मिले हैं जो विशेष रूप से दवा के प्रति संवेदनशील थे और विश्लेषण किए गए जीन की कुल संख्या 3668 थी। 270 संवेदनशील जीनों में से 38 को "डीएनए मरम्मत जीन" के रूप में वर्गीकृत किया गया है। यदि जीनोम में निहित "डीएनए रिपेयर जीन" की संख्या 112 है और जीनोम में जीन की कुल संख्या 3668 है, तो क्या डीएनए मरम्मत जीन में संवेदनशील जीन संवर्धन है? किस सांख्यिकीय परीक्षण का उपयोग किया जाना चाहिए? अगर आप पी-मूल्य की ऑनलाइन गणना करने के लिए मुझे कुछ उपकरण भी बता सकते हैं तो मैं सराहना करूंगा।

Answer 1

जीन सूचियों के संवर्धन के लिए परीक्षण करने के लिए मानक अभ्यास एक हाइपरजोमेट्रिक परीक्षण या, समकक्ष, एक तरफा फिशर का सटीक परीक्षण करना है । आपके पास निम्नलिखित है$2\times2$ आकस्मिक तालिका:

$$\array{& \text{DNA Repair} & \text{Other} \\\text{Sensitive} & 38 & 232 & 270\\\text{Not Sensitive} & 74 & 3324 & 3398 \\ & 112 & 3556}$$

आप परीक्षण Rको इस प्रकार कर सकते हैं:

fisher.test(matrix(c(38,74,232,3324),nrow=2,ncol=2),alternative="greater")

जो अत्यधिक महत्वपूर्ण परिणाम देता है:

Fisher's Exact Test for Count Data

data:  matrix(c(38, 74, 232, 3324), nrow = 2, ncol = 2) 
p-value < 2.2e-16
alternative hypothesis: true odds ratio is greater than 1 
95 percent confidence interval:
5.062107      Inf 
sample estimates:
odds ratio 
7.34918

ध्यान दें कि जैसा कि हम ओवर-प्रतिनिधित्व के लिए परीक्षण कर रहे हैं (बल्कि-प्रतिनिधित्व के बजाय) alternativeपैरामीटर सेट है "greater"।

Comments

आपके उत्तर के लिए बहूत बहूत धन्यवाद। हालांकि मैं यह भी कहता हूं कि फिशरएक्सएक्ट परीक्षण विश्लेषण का एक अच्छा तरीका हो सकता है। मेरे पास अन्य कार्यात्मक कक्षाओं के लिए परिणाम देने के लिए कोई आँकड़ा सॉफ्टवेयर नहीं है जिसे मैं भी परीक्षण करना चाहूंगा। क्या आप सभी दशमलव के साथ pvalues ​​प्राप्त करने के लिए कोई "ऑनलाइन" टूल जानते हैं?

— लौरा

आप आर को मुफ्त में डाउनलोड कर सकते हैं। R-project.org देखें । इसलिए कोई भी सॉफ्टवेयर घुलनशील नहीं है (और यह सोचकर कि आपको ऑनलाइन गणना करने का तरीका गलत है)। लेकिन कृपया अपने लिए इन चीजों का पता लगाने के लिए थोड़ी खोज करें। एक अच्छा सवाल पूछने पर आंकड़े ।stackexchange.com / help / how - to - ask पर सलाह देखें ।

— निक कॉक्स

@ आपकी सलाह अच्छी है, लेकिन कृपया इसे पोस्टर के लक्षण वर्णन के रूप में काउच न करें: इस तरह के फंतासिंग को एक हमले के रूप में बहुत आसानी से गलत समझा जाता है, जो मुझे संदेह है कि आप का इरादा है। इसलिए मैंने आपकी टिप्पणी में प्रारंभिक वाक्यांश को हटा दिया (जिसमें इसके लिए कोई जानकारी नहीं जोड़ी गई)।

— whuber

इसके लिए एक महान ऑनलाइन टूल है: mathcelebrity.com/fishers_exact_test.php

क्या आप इसके अतिरिक्त व्याख्या कर सकते हैं कि वास्तव में क्या गणना की जा रही है?

— sdgaw erzswer