आर में एक प्रशंसक (पोलर) डेंड्रोग्राम की साजिश कैसे करें?

Question

मैं कुछ इस तरह की बात कर रहा हूँ:

समाधान दिखाने के लिए डेटासेट सुझाया गया:

data(mtcars)
plot(hclust(dist(mtcars)))

Comments

ध्रुवीय प्रतिनिधित्व (अंतरिक्ष को बचाने से अलग) का क्या फायदा है? यह मुझे ऐसा लगता है जैसे यह देखने में मुश्किल है।

— निको

@ निको अधिक शांत है (-;

यह तब भी उपयोगी है जब आपके पास एक स्टेम नहीं है ...

— ताल गैली

@mbq: आप एक "अच्छा" वाक्य से चूक गए ... आप कह सकते हैं "यह अधिक प्रशंसक है " :)

— निको

Answer 1

Phylogenetics में, यह एक प्रशंसक phylogram है, इसलिए आप इसे phyloउपयोग और उपयोग करने के लिए परिवर्तित कर सकते हैं ape:

library(ape)
library(cluster) 
data(mtcars)
plot(as.phylo(hclust(dist(mtcars))),type="fan")

परिणाम:

Comments

(+1) मैंने इसकी तलाश की, लेकिन इसे apeपैकेज में नहीं मिला !

— chl

बिंगो। यही मैं ढूंढ रहा था। मुझे आश्चर्य है कि अगर ggplot2 में कुछ ऐसा ही है ...

— Tal Galili

@ Ggplot2 में पेड़ संरचनाओं के लिए कोई आधिकारिक समर्थन नहीं। इस Google समूह धागे को देखें, j.mp/c85l5l (लेकिन यह निश्चित रूप से परिपत्र नहीं है)।

— १०:५२

नमस्कार chl, लिंक के लिए धन्यवाद। मैं इस कोड के संदर्भ में भी जवाब दूंगा ...

— Tal Galili

Answer 2

क्या आपने इस पोस्ट को देखा? http://groups.google.com/group/ggplot2/browse_thread/thread/8e1efd0e7793c1bb

उदाहरण लें, ord_polar () जोड़ें और कुल्हाड़ियों को उल्टा करें और आप बहुत करीब आ जाएं:

library(cluster) 
data(mtcars)
x <- as.phylo(hclust(dist(mtcars)))

p <- ggplot(data=x)
p <- p + geom_segment(aes(y=x,x=y,yend=xend,xend=yend), colour="blue",alpha=1) 
p <- p + geom_text(data=label.phylo(x), aes(x=y, y=x, label=label),family=3, size=3) + xlim(0, xlim) + coord_polar()

theme <- theme_update(  axis.text.x = theme_blank(),
                        axis.ticks = theme_blank(),
                        axis.title.x = theme_blank(),
                        axis.title.y = theme_blank(),
                        legend.position = "none"
                     )
p <- p + theme_set(theme)
print(p)

Comments

p <- ggplot(data=x)मैं इस त्रुटि मिलती है: ggplot2 doesn't know how to deal with data of class phylo। मैं क्या खो रहा हूँ?

— गाबोरगुला

Answer 3

चार साल बाद, मैं अब इस सवाल का जवाब देने में सक्षम हूं। यह दो नए पैकेजों को मिलाकर किया जा सकता है: परिचालित और dendextend ।

circlize_dendrogramफ़ंक्शन का उपयोग करके प्लॉट बनाया जा सकता है (प्लॉट.फाइलो फ़ंक्शन के "प्रशंसक" लेआउट पर बहुत अधिक परिष्कृत नियंत्रण की अनुमति देता है)।

# install.packages("dendextend")
# install.packages("circlize")
library(dendextend)
library(circlize)

# create a dendrogram
hc <- hclust(dist(datasets::mtcars))
dend <- as.dendrogram(hc)

# modify the dendrogram to have some colors in the branches and labels
dend <- dend %>% 
   color_branches(k=4) %>% 
   color_labels

# plot the radial plot
par(mar = rep(0,4))
# circlize_dendrogram(dend, dend_track_height = 0.8) 
circlize_dendrogram(dend, labels_track_height = NA, dend_track_height = .4) 

और परिणाम है: