मैं lme4, nlme, baysian regression पैकेज या किसी भी उपलब्ध का उपयोग करके मिश्रित मॉडल फिट करना चाहता हूं।
Asreml- R कोडिंग सम्मेलनों में मिश्रित मॉडल
बारीकियों में जाने से पहले, हम ASREML कोड से अपरिचित लोगों के लिए asreml-R सम्मेलनों पर विवरण रखना चाहते हैं।
y = Xτ + Zu + e ........................(1) ;
सामान्य मिश्रित मॉडल के साथ, y टिप्पणियों के n × 1 वेक्टर को दर्शाता है, जहां 1 xed e s ects का p × 1 वेक्टर है, X पूर्ण स्तंभ रैंक का एक n × p डिज़ाइन मैट्रिक्स है जो fi xed e ff ect के उपयुक्त संयोजन के साथ टिप्पणियों को जोड़ता है। , u यादृच्छिक e, ects का q × 1 वेक्टर है, Z n × q डिजाइन मैट्रिक्स है जो यादृच्छिक e s ects के उपयुक्त संयोजन के साथ जुड़ता है, और e अवशिष्ट त्रुटियों का n × 1 वेक्टर है। मॉडल (1 कहा जाता है) एक रैखिक मिश्रित मॉडल या रैखिक मिश्रित ई model एक्ट्स मॉडल। यह माना जाता है

जहां मैट्रिसेस जी और आर क्रमशः पैरामीटर G और G के कार्य हैं।
पैरामीटर parameter एक भिन्नता पैरामीटर है जिसे हम स्केल पैरामीटर के रूप में संदर्भित करेंगे।
एक से अधिक अवशिष्ट विचरण के साथ मिश्रित ई mixed एक्ट्स मॉडल में, उदाहरण के लिए एक से अधिक अनुभाग या वेरिएंट के साथ डेटा के विश्लेषण में उत्पन्न होता है, पैरामीटर θ एक से xed है। एक एकल अवशिष्ट विचरण के साथ मिश्रित ई mixed एक्ट्स मॉडल में तो ff अवशिष्ट विचरण (.2) के बराबर है। इस मामले में आर को सहसंबंध मैट्रिक्स होना चाहिए। मॉडल पर आगे के विवरण अस्रेमल मैनुअल (लिंक) में दिए गए हैं ।
त्रुटियों के लिए भिन्न संरचनाएँ: R संरचना और यादृच्छिक e: ects के लिए भिन्न संरचनाएँ: G संरचनाएँ निर्दिष्ट की जा सकती हैं।


asreml में प्रसरण मॉडलिंग () प्रत्यक्ष उत्पादों के माध्यम से विचरण संरचनाओं के गठन को समझना महत्वपूर्ण है। सामान्य रूप से कम से कम वर्गों की धारणा (और asreml () में डिफ़ॉल्ट) यह है कि ये स्वतंत्र रूप से और पहचान के साथ वितरित किए जाते हैं (IID)। हालाँकि, यदि डेटा c कॉलम द्वारा r पंक्तियों के एक आयताकार सरणी में किए गए एक फ़ील्ड प्रयोग से था, तो कहें, हम अवशिष्ट को एक मैट्रिक्स के रूप में व्यवस्थित कर सकते हैं और संभावित रूप से विचार करते हैं कि वे पंक्तियों और स्तंभों के भीतर autocorrelated थे। अवशिष्ट के रूप में क्षेत्र क्रम में एक सदिश, जो कि अवशेषों की पंक्तियों को स्तंभों के भीतर (ब्लॉक के भीतर भूखंडों) को छांटकर, अवशेषों का विचरण हो सकता है
क्रमशः पंक्ति मॉडल (ऑर्डर आर, ऑटोकार्ट्रेशन पैरामीटर )r) और कॉलम मॉडल (ऑर्डर सी, ऑटोकॉरेलेशन पैरामीटर )c) के लिए सहसंबंध मैट्रिक्स हैं। विशेष रूप से, दो-आयामी अलग करने योग्य ऑटोरिएरेटिव स्थानिक संरचना (AR1 x AR1) को कभी-कभी फ़ील्ड परीक्षण विश्लेषण में आम त्रुटियों के लिए माना जाता है।
उदाहरण डेटा:
निनॉ अस्रेमल-आर लाइब्रेरी से है, जहां आयताकार क्षेत्र में प्रतिकृति / ब्लॉक में विभिन्न संस्करण विकसित किए गए थे। पंक्ति या स्तंभ दिशा में अतिरिक्त परिवर्तनशीलता को नियंत्रित करने के लिए प्रत्येक भूखंड को पंक्ति और स्तंभ चर (पंक्ति स्तंभ डिजाइन) के रूप में संदर्भित किया जाता है। इस प्रकार अवरुद्ध करने के साथ यह पंक्ति स्तंभ डिजाइन। यील्ड को वेरिएबल मापा जाता है।
उदाहरण के मॉडल
मुझे asreml-R कोड के बराबर कुछ चाहिए:
सरल मॉडल सिंटैक्स निम्न प्रकार दिखाई देगा:
rcb.asr <- asreml(yield ∼ Variety, random = ∼ Replicate, data = nin89)
.....model 0
रैखिक मॉडल को निर्धारित (आवश्यक), यादृच्छिक (वैकल्पिक) और आरसीओवी (त्रुटि घटक) तर्कों को सूत्र ऑब्जेक्ट के रूप में निर्दिष्ट किया गया है। डिफ़ॉल्ट एक साधारण त्रुटि शब्द है और इसे मॉडल 0 के रूप में त्रुटि अवधि के लिए औपचारिक रूप से निर्दिष्ट करने की आवश्यकता नहीं है। ।
यहाँ विविधता निश्चित प्रभाव है और यादृच्छिक प्रतिकृति (ब्लॉक) है। यादृच्छिक और निश्चित शब्दों के अलावा हम त्रुटि शब्द निर्दिष्ट कर सकते हैं। जो इस मॉडल में डिफ़ॉल्ट है। 0. मॉडल का अवशिष्ट या त्रुटि घटक rcov तर्क के माध्यम से सूत्र ऑब्जेक्ट में निर्दिष्ट किया गया है, निम्न मॉडल 1: 4 देखें।
निम्नलिखित मॉडल 1 अधिक जटिल है जिसमें जी (यादृच्छिक) और आर (त्रुटि) संरचना दोनों निर्दिष्ट हैं।
मॉडल 1:
data(nin89)
# Model 1: RCB analysis with G and R structure
rcb.asr <- asreml(yield ~ Variety, random = ~ idv(Replicate),
rcov = ~ idv(units), data = nin89)
यह मॉडल उपरोक्त मॉडल 0 के बराबर है, और जी और आर संस्करण मॉडल का उपयोग करता है। यहाँ विकल्प यादृच्छिक और rcov यादृच्छिक और rcov सूत्रों को स्पष्ट रूप से G और R संरचनाओं को निर्दिष्ट करने के लिए निर्दिष्ट करता है। जहाँ idv () asreml में विशेष मॉडल फ़ंक्शन है () जो कि विचरण मॉडल की पहचान करता है। अभिव्यक्ति idv (इकाइयां) स्पष्ट रूप से ई के लिए विचरण मैट्रिक्स को एक निर्धारित पहचान के लिए निर्धारित करती है।
# मॉडल 2: एक दिशा में सहसंबंध के साथ दो-आयामी स्थानिक मॉडल
sp.asr <- asreml(yield ~ Variety, rcov = ~ Column:ar1(Row), data = nin89)
उन्नीस की प्रायोगिक इकाइयों को कॉलम और रो द्वारा अनुक्रमित किया गया है। इसलिए हम इस मामले में दो दिशाओं - पंक्ति और स्तंभ दिशा में यादृच्छिक भिन्नता की अपेक्षा करते हैं। जहाँ ar1 () एक विशेष कार्य है जो रो के लिए पहले क्रम के ऑटोरेग्रेसिव विचरण मॉडल को निर्दिष्ट करता है। यह कॉल त्रुटि के लिए द्वि-आयामी स्थानिक संरचना को निर्दिष्ट करता है, लेकिन केवल पंक्ति दिशा में स्थानिक सहसंबंध के साथ। स्तंभ के लिए विचरण मॉडल पहचान (आईडी) (है) लेकिन औपचारिक रूप से निर्दिष्ट करने की आवश्यकता नहीं है क्योंकि यह डिफ़ॉल्ट है।
# मॉडल 3: द्वि-आयामी स्थानिक मॉडल, दोनों दिशा में त्रुटि संरचना
sp.asr <- asreml(yield ~ Variety, rcov = ~ ar1(Column):ar1(Row),
data = nin89)
sp.asr <- asreml(yield ~ Variety, random = ~ units,
rcov = ~ ar1(Column):ar1(Row), data = nin89)
उपरोक्त मॉडल 2 के समान है, हालांकि सहसंबंध दो दिशा है - ऑटोरेग्रेसिव एक।
मुझे यकीन नहीं है कि खुले स्रोत आर संकुल के साथ इन मॉडलों में से कितना संभव है। यहां तक कि अगर इन मॉडलों में से किसी एक का समाधान बहुत मदद करेगा। यहां तक कि अगर +50 का बेट्टी ऐसे पैकेज को विकसित करने के लिए उत्तेजित कर सकता है, तो इससे बहुत मदद मिलेगी!
देखें MAYSaseen ने तुलना के लिए प्रत्येक मॉडल और डेटा (उत्तर के रूप में) से आउटपुट प्रदान किया है।
संपादन: निम्नलिखित सुझाव है जो मुझे मिश्रित मॉडल चर्चा मंच में प्राप्त हुए हैं: "आप डेविड क्लिफोर्ड के regress और spatialCovariance संकुल को देख सकते हैं। पूर्व में (गाऊसी) मिश्रित मॉडल की फिटिंग की अनुमति मिलती है जहां आप सहसंयोजक मैट्रिक्स की संरचना को बहुत लचीले ढंग से निर्दिष्ट कर सकते हैं। (उदाहरण के लिए, मैंने इसका उपयोग वंशावली डेटा के लिए किया है)। स्पैटियलकॉवेरियन पैकेज AR1xAR1 की तुलना में अधिक विस्तृत मॉडल प्रदान करने के लिए regress का उपयोग करता है, लेकिन यह लागू हो सकता है। आपको इसे अपनी सटीक समस्या पर लागू करने के बारे में लेखक के साथ पत्राचार करना पड़ सकता है। "
corStructमें nlme(anisotropic सह-संबंध के लिए) ... यह मदद मिलेगी अगर आप कर सकते थे संक्षेप में राज्य इन ASREML बयान करने के लिए इसी सांख्यिकीय मॉडल, क्योंकि हम सभी के साथ परिचित नहीं हैं (वे शब्द या समीकरणों में) ASREML वाक्य रचना ...
MCMCglmm, और मुझे पूरा यकीन है कि (इसके अलावा अन्य) spatialCovarianceउल्लेख किया है, जो मैं के साथ अपरिचित हूँ) केवल यह अनुसंधान में किया जाना जिस तरह से नए को परिभाषित करते हुए है corStructरों - जो संभव है, लेकिन तुच्छ नहीं।
lme4। क्या आप (ए) हमें बता सकते हैं कि आपको ऐसा करने की आवश्यकता क्योंlme4हैasreml-R(ब) इसके बारे में पोस्ट करने पर विचार करेंr-sig-mixed-modelsजहां अधिक प्रासंगिक विशेषज्ञता है?