CentOS अपने वाणिज्यिक समकक्ष , RedHat Enterprise Linux के साथ "100% बाइनरी संगत" है । क्योंकि आरएचईएल एक लाइसेंस प्राप्त प्रणाली है जिसमें समर्थन अनुबंध और विभिन्न एंटरप्रीसी चीजें शामिल हैं, हर कोई इसे नहीं चलाना चाहता है। हालाँकि, एक खुले स्रोत की दुनिया में सभी विकास को साझा करना पड़ता है, इसलिए जब वे समर्थन अनुबंध, मीडिया और जो कुछ भी चार्ज करते हैं, उन्हें अभी भी स्रोत को साझा करना होगा। CentOS उस की पुनः पैकेजिंग है, जो इसे समुदाय को मुफ्त में प्रदान करता है।
इसके अलावा, फिर "100% संगतता" केवल आरएचईएल और सेंटोस के बराबर संस्करणों के बीच है । लाइब्रेरी संस्करण प्रत्येक प्रमुख रिलीज़ के साथ बदलते हैं, लेकिन चूंकि ये प्रोजेक्ट सिंक में रिलीज़ होते हैं, आप उनके बीच पैकेजों का आदान-प्रदान कर सकते हैं जब तक कि वे दोनों एक ही प्रमुख संस्करण के लिए सेटअप न हों।
डिस्ट्रोस, विशेष रूप से आरपीएम आधारित डिस्ट्रोस जैसे सेंटोस और डेबियन आधारित वाले जैसे कि उबंटू लेगियन हो सकते हैं, और एक दिया गया पैकेज उनके बीच पोर्टेबल नहीं होगा। हालांकि, समग्र प्रणालियां लगभग समान हैं, एक के लिए विकसित सॉफ्टवेयर आमतौर पर आसानी से दूसरे के लिए संकलित किया जा सकता है, इसे बस संकलित किया जाना चाहिए और थोड़ा अलग तरीके से पैक किया जाना चाहिए। यदि आप सभी सही लाइब्रेरी संस्करणों में खींचने की परवाह करते हैं, तो एक से बायनेरिज़ वास्तव में दूसरे पर काम करेंगे। देखें गिल्स का जवाब ।