अपने उत्तर में उल्लेखित एनज़ोटिब की तरह, डेबियन एक SystemV स्टाइल इनिट का उपयोग करता है, जबकि उबंटू अपस्टार्ट का उपयोग करता है। चूंकि सर्वर बहुत बार पुनरारंभ नहीं होते हैं (या कम से कम उन्हें नहीं होना चाहिए: P), init सिस्टम वास्तव में मायने नहीं रखता है। इस बारे में जहां मतभेद खत्म होते हैं।
उबंटू के अधिकांश पैकेजों को सिर्फ डेबियन से बदला गया है, इसलिए सॉफ्टवेयर डिफॉल्ट्स (जैसे अपाचे वेब सर्वर कॉन्फ़िगरेशन) समान हैं। मेरे पास दो सर्वर हैं, एक उबंटू सर्वर 11.04 और एक रनिंग डेबियन 6.0 और एक भी उदाहरण नहीं है जहां मैं उनके बीच एक कॉन्फ़िगरेशन फ़ाइल की प्रतिलिपि नहीं बना सका और यह सही ढंग से काम करता है।