जैव सूचना विज्ञान और कम्प्यूटेशनल जीवविज्ञान उपकरण क्या उपलब्ध हैं?


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आज, मुझे उबंटू का वैज्ञानिक संस्करण देखने के लिए कहा गया था। वे वास्तव में डीएनए अनुक्रम विश्लेषण, प्रोटीन सत्यापन, अनुमान और कई जीव विज्ञान से संबंधित कार्यों को करने के लिए उपकरणों की तलाश कर रहे हैं।

प्रथम:

  1. क्या उबंटू का वैज्ञानिक, जैव-उन्मुख संस्करण है

  2. क्या ऊपर उल्लिखित बिंदुओं की तरह वैज्ञानिक विश्लेषण करने के लिए उपकरण हैं।


मैं इसी तरह की तर्ज पर कुछ पोस्ट करने वाला था। इस विषय को प्रकाश में लाने के लिए धन्यवाद :)
चिराग

जवाबों:


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मैंने कम्प्यूटेशनल जीव विज्ञान और जैव सूचना विज्ञान के लिए विभिन्न डेबियन, आरएचईएल और सदाचार मशीन आधारित ऑपरेटिंग सिस्टम और रिसर्च टूल्स पर कुछ गोगलिंग किया। कुछ उल्लेखनीय नीचे संक्षेप हैं:

डेबियन मेड : एक डेबियन ऑपरेटिंग सिस्टम जो चिकित्सा पद्धति और जैव चिकित्सा अनुसंधान के लिए आवश्यकताओं के लिए विशेष रूप से अच्छी तरह से फिट है।

DNALinux : बायोइनफॉरमेटिक सॉफ्टवेयर के साथ एक वर्चुअल मशीन है जिसे प्रीइंस्टॉल्ड किया गया है।

Bioknoppix : Knoppix Linux Live CD का एक अनुकूलित वितरण है। यह आणविक जीवविज्ञानी के लिए लक्षित अनुप्रयोगों के साथ आता है। कुछ रैम का उपयोग करने के अलावा, Bioknoppix होस्ट कंप्यूटर को स्पर्श नहीं करता है (क्योंकि यह एक लाइव-सीडी है), और प्रदर्शनों, आणविक जीव विज्ञान के छात्रों, कार्यशालाओं आदि के लिए आदर्श है।

विज्ञान : ("विज्ञान" का अर्थ "विज्ञान" हिंदी में है। लेकिन यह मुझे वैज्ञानिक लिनक्स भी नहीं है)। विज्ञान जैव सूचना विज्ञान, कम्प्यूटेशनल जीव विज्ञान और कम्प्यूटेशनल रसायन विज्ञान के लिए एक इलेक्ट्रॉनिक कार्यक्षेत्र है। इसे शुरुआती और विशेषज्ञों दोनों की जरूरतों को पूरा करने के लिए डिज़ाइन किया गया है। VigyaanCD एक लाइव लिनक्स सीडी है जिसमें मॉडलिंग सॉफ़्टवेयर का उपयोग करने के लिए कंप्यूटर को बूट करने के लिए सभी आवश्यक सॉफ़्टवेयर हैं। VigyaanCD v1.0 KNOPPIX v3.7 पर आधारित है।

VLinux : जैव सूचना विज्ञान में छात्रों और शोधकर्ताओं के लिए एक लिनक्स वितरण और उपकरण है। यह OpenSUSE पर आधारित है और Novell के Suse Studio का उपयोग करके बनाया गया है।

BioSLAX : बायोइनफॉरमैटिक्स टूल्स का एक नया लाइव सीडी / डीवीडी सूट है जिसे नेशनल इंस्टीट्यूट ऑफ सिंगापुर (NUS) के बायोइन्फॉर्मेटिक्स सेंटर (BIC) की संसाधन टीम द्वारा जारी किया गया है। किसी भी पीसी से बूट करने योग्य, यह सीडी / डीवीडी लाइनक्स ऑपरेटिंग सिस्टम के संकुचित SLACKWARE स्वाद को SLAX के नाम से भी चलाता है।

जैव-लिनक्स 6.0 : जैव सूचना विज्ञान कार्य केंद्र को बनाए रखने के लिए एक पूरी तरह से चित्रित, शक्तिशाली, विन्यास योग्य और आसान है। बायो-लिनक्स उबंटू लिनक्स 10.04 बेस पर 500 से अधिक जैव सूचना विज्ञान कार्यक्रम प्रदान करता है। जैव सूचना विज्ञान कार्यक्रमों के लिए एक ग्राफिकल मेनू है, साथ ही परीक्षण कार्यक्रमों के लिए उपयोगी जैव-लिनक्स जैव सूचना विज्ञान प्रलेखन प्रणाली और नमूना डेटा तक आसान पहुंच है। नई पीढ़ी के अनुक्रम डेटा प्रकारों को संभालने के लिए आप बायो-लिनक्स पैकेज भी स्थापित कर सकते हैं।


एक जैव सूचना विज्ञान के रूप में मेरी राय किसी भी लिनक्स स्वाद को डाउनलोड करने और चलाने के लिए है जो आपको सूट करता है। लगभग सभी डाउनलोड और उपयोग करने के लिए स्वतंत्र हैं। मेरे शोध कार्य में, मैं उबंटू और सेंटोस का उपयोग करता हूं। मैं अपना अनुभव साझा करूंगा।

CentOS : यदि आप सेटअप के दौरान सभी लाइब्रेरी स्थापित करते हैं, तो आपको बाद में बहुत समस्याएँ नहीं आएंगी। मैंने उस पर आणविक गतिशीलता पैकेज एएमबीईआर और डेसमंड का उपयोग किया है। यह आम तौर पर बहुत अधिक समस्याओं को प्रस्तुत किए बिना चलता है।

उबंटू: चूंकि यह पहले से स्थापित कई पुस्तकालयों के साथ नहीं आता है, इसलिए आपको पता होना चाहिए कि इस पर सॉफ़्टवेयर चलाने के बारे में जानकारी कहाँ से प्राप्त करें। हालांकि, चूंकि उबंटू शोधकर्ताओं के बीच बहुत लोकप्रिय है , इसलिए मुझे कोई कारण नहीं है कि आपको यह क्यों नहीं करना चाहिए। यदि आपको किसी सॉफ़्टवेयर को स्थापित करने या चलाने में कोई कठिनाई आती है, तो आप उस विशेष सॉफ़्टवेयर से संबंधित विशिष्ट मेलिंग सूचियों पर प्रश्न पोस्ट कर सकते हैं। उबंटू सॉफ्टवेयर सेंटर में जैसे कि पायमोल , ऑटोडॉक , यूनिप्रो यूजीएनई आदि कार्यक्रम उपलब्ध हैं। ग्रोमैक पहले उपलब्ध था (मुझे यह 12.04 में नहीं मिला)।

मैं दृढ़ता से आपको एक बार प्रयास करने और उबंटू पर अपने सभी उपयोगी सॉफ़्टवेयर को स्थापित करने का सुझाव दूंगा और फिर अपने ओएस की प्रतियां बनाने के लिए रेमस्टर्स का उपयोग करके इसे कई डेस्कटॉप और वर्कस्टेशन पर रख सकता हूं जो आप चाहते हैं।

व्यक्तिगत रूप से, मुझे जीव विज्ञान और रसायन विज्ञान अनुसंधान दर्शकों के लिए लक्षित एक विशेष लिनक्स ओएस होने में एक विशाल गुंजाइश दिखाई देती है।

आशा करता हूँ की ये काम करेगा।


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वैसे THIS एक बहुत ही शोधपूर्ण उत्तर है। धन्यवाद चिराग। आपकी सलाह को ध्यान में रखेगा।
लुइस अल्वाराडो

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अगर समुदाय इस बारे में गंभीर है। मैं मामले पर और सर्वे कर सकता हूं। मैं वैज्ञानिक सॉफ्टवेयर्स के पुस्तकालय समर्थन के बारे में कम्प्यूटेशनल केमिस्ट और जीवविज्ञानी के लिए ऑनलाइन चुनाव उत्पन्न कर सकता हूं। मुझे यकीन है, उबंटू को और अधिक अनुसंधान के अनुकूल डिस्ट्रो बनाया जा सकता है :) मेरे कई सहयोगी उबंटू का उपयोग करते हैं। मेरे पास उनके साथ एक शब्द होगा और आपको अधिक जानकारी देगा।
चिराग

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बायो-लिनक्स उबंटू बेस पर एक जैव सूचना विज्ञान कार्य केंद्र है।

इसके अलावा, उबंटू के लिए जीवविज्ञान-उन्मुख कार्यक्रमों / उपकरणों की एक पूरी मेजबानी है, यहाँ पर गणना की गई और विस्तृत है


यदि आप निम्नलिखित जोड़ सकते हैं: distro.ibiblio.org/bio-linux/iso मैंने पाया कि इसके लिए नवीनतम और नवीनतम संस्करण हैं। मुझे लगा कि यह 2 साल पुराना है, लेकिन मैं देख सकता हूं कि यह अपडेट होता रहता है।
लुइस अल्वाराडो

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ऐसा प्रतीत होता है कि बायो-लिनक्स अभी भी सक्रिय विकास में है। यह LTS पर आधारित है। इस Bugs.launchpad.net/bio-linux/+bug/998144 के अनुसार , संस्करण 7, उबंटू 12.04 पर आधारित अक्टूबर में कुछ समय होना चाहिए। वर्तमान संस्करण (6), 10.04 पर आधारित है।
reverendj1

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वहाँ नहीं है, जहाँ तक मुझे पता है, इस उद्देश्य के लिए एक विशेष वितरण।

( साइंटिफिक लिनक्स नामक एक वितरण मौजूद है , जो RedHat / Centos पर आधारित है, लेकिन यह उच्च ऊर्जा भौतिकी की जरूरतों को लक्ष्य करके बनाया गया है (और इसमें स्टॉक उबंटू की कोई सामान्य क्षमता नहीं है)।

पैकेजों के संग्रह के साथ एक जीव विज्ञान श्रेणी (विज्ञान / इंजीनियरिंग के तहत) है, हालांकि ubuntu के साथ पैक किए गए विशेष वैज्ञानिक अनुप्रयोगों की संख्या अपेक्षाकृत छोटी है (और मुझे उम्मीद है कि यह अन्य वितरणों के लिए भी होगा जो आप देख सकते हैं)। विज्ञान + इंजीनियरिंग / जीवविज्ञान कुछ सूचीबद्ध करता है लेकिन अद्यतित नहीं होता है।

यह कहा गया है, कई विज्ञान उपकरण, आधिकारिक रिपॉजिटरी में नहीं हैं , ubuntu- संगत (.deb) संकुल प्रदान करते हैं, जिसे आप डाउनलोड कर सकते हैं (जैसे libSBML ), या जेनेरिक लिनक्स बायनेरिज़ (जैसे कोपासी ), या प्लेटफ़ॉर्म न्यूट्रल (जावा में लिखे जा रहे हैं) अजगर आदि) और इसलिए उबंटू में काफी खुशी से चलना चाहिए (जैसे ImageJ )।

मैं कम्प्यूटेशनल जीव विज्ञान के काम के लिए उबंटू का उपयोग करता हूं, हालांकि इसमें मुख्य रूप से विशेष अनुप्रयोगों के बजाय सामान्य उद्देश्य उपकरण (जैसे आर, अजगर) के साथ काम करना शामिल है।


बहुत अच्छा विश्लेषण। डेबियन / उबंटू आधारित डिस्ट्रो का कोई भी विचार।
लुइस अल्वाराडो

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ईमानदार, मुझे लगता है कि एक विशेष वितरण में बहुत कम बिंदु हैं। निश्चित रूप से यह उपयोगी होगा यदि अधिक विशेषज्ञ अनुप्रयोगों को डेबियन / ubuntu के लिए पैक किया गया था, लेकिन यह उन अनुप्रयोगों के लिए एक PPA स्थापित करने के लिए बहुत अधिक उपयुक्त लगेगा बजाय एक संपूर्ण वितरण को बनाए रखने के प्रयास में जाने के - Ubuntu एक पूरी तरह से अच्छा डेस्कटॉप प्रदान करता है, और यह मेरे लिए स्पष्ट नहीं है कि एक सामान्य जीवविज्ञान मंच के लिए सिस्टम-व्यापी परिवर्तनों की आवश्यकता है, बस एक सामान्य मंच के लिए आसानी से इंस्टॉल करने योग्य और परीक्षण उपकरण। उस ने कहा, इस सॉफ्टवेयर का अनिश्चित लाइसेंसिंग मुश्किल बना सकता है।
क्रोनिटिस

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मैं देख रहा हूं कि कई उबंटू विज्ञान रीमिक्स उपलब्ध हैं, लेकिन वे सभी मर चुके हैं। यह बहुत से उबंटू रीमिक्स के साथ रास्ता लगता है, क्योंकि कई बार वे सिर्फ एक पूरी पेशकश नहीं करते हैं इसके अलावा बस कुछ अनुप्रयोगों को स्वचालित रूप से स्थापित करते हैं, इसलिए वे डेवलपर्स को बनाए रखने के लिए आवश्यक महत्वपूर्ण द्रव्यमान प्राप्त नहीं करते हैं। ।

मेरा सुझाव एक ठोस विज्ञान-आधारित डिस्ट्रो का उपयोग करना होगा, जैसे कि वैज्ञानिक लिनक्स , जो कि फ़र्मिलाब, सर्न, आदि द्वारा उपयोग (और विकसित) है, यह एक ऐसा डिस्ट्रो है जो जल्द ही कहीं भी नहीं जा रहा है, और इसमें बहुत अच्छा है वैज्ञानिक समुदाय से समर्थन। दुर्भाग्य से, यह Red Hat पर आधारित है, इसलिए हो सकता है कि यह आपकी आवश्यकताओं के अनुकूल न हो।

यदि आपको उबंटू का उपयोग करने की आवश्यकता है, तो रिपोज में कई वैज्ञानिक अनुप्रयोग उपलब्ध हैं, बस उबंटू सॉफ्टवेयर सेंटर को आग लगा दें और "साइंस एंड इंजीनियरिंग" -> जीवविज्ञान ब्राउज़ करें। मैं इन कार्यक्रमों की उपयोगिता के बारे में निश्चित नहीं हूं, क्योंकि यह मेरी विशेषज्ञता से बाहर है। यदि वे पर्याप्त थे, तो आप एक त्वरित बैश स्क्रिप्ट सेट कर सकते हैं जो एक नई मशीन स्थापित करते समय उन सभी को स्थापित करता है।

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