PyMOL में APBS टूल ( http://www.pymolwiki.org/index.php/Apbsplugin ) नामक एक प्लगइन है जिसमें तीन अलग-अलग फ़ाइल इनपुट की आवश्यकता होती है:
- APBS बाइनरी (apbs.exe)
- APBS psize.py फ़ाइल
- PDB2PQR pdb2pqr.py फ़ाइल
मैंने APBS स्थापित किया है और मेरी C: \ APBS निर्देशिका में apbs.exe और psize.py दोनों हैं। PDB2PQR समस्या है, मैंने http://sourceforge.net/projects/pdb2pqr/files/latest/download (64 बिट विंडोज के लिए संस्करण 2.0.0) डाउनलोड किया है और इसकी सामग्री निकाली है और निकाले गए किसी भी pdb2pqr.py फ़ाइल को खोजने में विफल रहा है। निर्देशिका। मैंने pdb2pqr 1.8.0 tarball (.tar.gz) को डाउनलोड करने और इसकी सामग्री निकालने की भी कोशिश की है, क्योंकि मुझे एक PyMOL उपयोगकर्ताओं की मेलिंग सूची पर सूचित किया गया था कि इसमें pdb2pqr.py फ़ाइल होनी चाहिए और PyMOL के साथ अधिक संगत हो सकती है। लेकिन यह टारबॉल स्रोत कोड है और इसे संकलित किया जाना चाहिए जो कि मेरी जानकारी के लिए विंडोज 7 पर संभव नहीं है।