लगभग हर दूसरे प्रकार के संचार इंटरफ़ेस की तरह, USB को प्रोटोकॉल स्टैक के रूप में लागू किया जाता है। इस स्टैक के भीतर के स्तर जो सभी या कई प्रकार के उपकरणों के लिए सामान्य हैं, स्वयं USB मानकों द्वारा परिभाषित किए गए हैं, जो दोनों संगतता को सक्षम करते हैं और प्रत्येक डिवाइस को निरर्थक प्रोटोकॉल डिज़ाइन करने से रोकते हैं। इसके अलावा, प्रोटोकोल की प्रत्येक परत दूर हो जाती है, जो बताती है कि अगली लेयर अप के बारे में चिंता करने की आवश्यकता नहीं है। इसलिए, जब आप वास्तव में डिवाइस-विशिष्ट परत लिख रहे हैं, तो आपके पास जेनेरिक 'सेंड' और 'रिसीव' फंक्शन हैं, जो एंडपॉइंट ए से एंडपॉइंट बी तक डेटा प्राप्त करते हैं। आप डिवाइस डिजाइनर के रूप में, इसकी परवाह नहीं करते यह कैसे होता है। इसके अलावा, प्रोटोकॉल स्टैक के भीतर निचले स्तर कार्यान्वयन को तब तक बदल सकते हैं जब तक वे अपने ऊपर की परत के लिए एक सामान्य इंटरफ़ेस को उजागर नहीं करते हैं। इस तरह, जब प्रोटोकॉल स्टैक का एक हिस्सा बदलता है, तो बाकी के स्टैक को बदलना जरूरी नहीं होता है।स्टैक के कुछ निचले स्तर पर किस प्रोटोकॉल का उपयोग किया जा रहा है। सामान्यतया, स्टैक के नीचे प्रत्येक लगातार परत अपने पेलोड क्षेत्र के भीतर अगली-उच्चतम परत द्वारा उत्पादित संदेश को एन्क्रिप्ट कर देगी क्योंकि संदेश भेजा जा रहा है। जब कोई संदेश प्राप्त होता है, तो प्रत्येक परत उस परत से संबंधित भाग को छील देती है और उसके पेलोड को अगले उपयुक्त परत तक ढेर के ऊपर छोड़ देती है। यह सच है, न केवल यूएसबी, बल्कि लगभग हर संचार बस। उदाहरण के लिए, टीसीपी / आईपी / ईथरनेट स्टैक संभवत: इनमें से सबसे अधिक इस्तेमाल किया जाता है। जिन कार्यों के लिए परतें दी गई हैं, वे आमतौर पर मॉडल में वर्णित हैं, जैसे कि OSI मॉडल ।
यूएसबी में, एक भौतिक परत प्रोटोकॉल है जो वोल्टेज राज्यों / समय / आदि को परिभाषित करता है। तार पर और उनकी व्याख्या कैसे की जानी चाहिए। इस प्रोटोकॉल को स्पष्ट रूप से USB मानकों का हिस्सा होने की आवश्यकता है, किसी दिए गए डिवाइस के लिए विशिष्ट नहीं (विशेषकर चूंकि होस्ट को यह जानने का कोई तरीका नहीं है कि किसी दिए गए यूएसबी पोर्ट में किस तरह का उपकरण प्लग किया जाना है।)
इसके बाद, एक बस प्रबंधन प्रोटोकॉल है, जिसका उपयोग यह बताने के लिए किया जाता है कि बस में कौन कब बात कर सकता है। इसे OSI मॉडल में मीडिया एक्सेस लेयर कहा जाता है। USB में इस लेयर को बहुत अधिक संक्षेप में प्रस्तुत किया जा सकता है, क्योंकि जब USB में इस लेयर पर विशेष रूप से जटिल प्रोटोकॉल नहीं होता है, तो डिवाइस इसे तब प्रसारित कर सकता है, जब होस्ट इसे करने के लिए कहता है।
अगला, डेटा के एक पैकेट का वर्णन करने के लिए एक मानक प्रोटोकॉल है और इसे प्रेषक से रिसीवर तक कैसे भेजा जाना चाहिए। इस परत को भी USB मानक का ही हिस्सा होना चाहिए, ताकि यह पता लगाने के लिए प्रारंभिक संचार हो कि किस प्रकार का उपकरण संलग्न किया गया है, विशिष्ट प्रकार के डिवाइस को वास्तव में होस्ट द्वारा ज्ञात होने से पहले हो सकता है। इस स्तर पर एक विशेष आईडी वाले प्रत्येक डिवाइस के अलावा, एंडपॉइंट आईडी के यूएसबी में भी अवधारणा है। यह किसी भी डिवाइस को कई USB एंडपॉइंट्स की अनुमति देता है, जो कि मानक USB स्टैक द्वारा मल्टीप्लेक्स और डेमोल्लिप्लेक्स्ड होते हैं, उसी तरह से जैसे सॉकेट्स मल्टीप्लेक्स और मानक टीसीपी / आईपी स्टैक द्वारा डिम्लिप्लेक्स्ड होते हैं। एक अनुप्रयोग इन समापन बिंदुओं में से प्रत्येक को अलग-अलग डेटा धाराओं के रूप में मान सकता है।
अंत में, वहाँ डिवाइस के लिए ही परिभाषित प्रोटोकॉल है। ध्यान दें कि वास्तव में कुछ सामान्य पूर्व-डिज़ाइन वाले हैं जो सामान्य उपयोग के मामलों के लिए USB मानक के हिस्से के रूप में शामिल हैं, जैसे कि बड़े पैमाने पर भंडारण उपकरण, चूहे, कीबोर्ड आदि, ताकि हर उपकरण निर्माता को फिर से आविष्कार न करना पड़े। पहिया। हालांकि, अधिक जटिल डिवाइस इस परत पर अपने स्वयं के कस्टम प्रोटोकॉल को डिजाइन करने के लिए स्वतंत्र हैं। किसी दिए गए ट्रांसमिशन के लिए इस परत का आउटपुट पिछली परत पर डेटा पैकेट के पेलोड के रूप में पारित किया जाता है। ध्यान दें कि, पर्याप्त रूप से जटिल उपकरणों के लिए, प्रोटोकॉल के डिवाइस-विशिष्ट भाग को कई स्वतंत्र परतों में विभाजित किया जा सकता है, लेकिन निचले स्तरों को इसके बारे में जानने या देखभाल करने की आवश्यकता नहीं है। उन्हें बस इतना पता होना चाहिए कि उन्हें होस्ट से किसी विशेष डिवाइस एंडपॉइंट तक या किसी विशेष डिवाइस एंडपॉइंट से होस्ट तक बाइट्स के सेट को पास करना होगा। फिर से, परतों के बीच मानक इंटरफ़ेस होने से चिंताओं को अलग करने की अनुमति मिलती है, इसलिए एक परत को किसी अन्य परत के आंतरिक कामकाज की देखभाल करने की आवश्यकता नहीं होती है, लेकिन केवल विशिष्ट डेटा जिसे इसे पास करना चाहिए या तुरंत ऊपर की परतों से प्राप्त करने की अपेक्षा करनी चाहिए इसके नीचे ढेर में।