क्योंकि अधिकांश उपयोगकर्ता SSL का उपयोग किए बिना मानक FTP पोर्ट से कनेक्ट होते हैं, और यदि वे करते हैं, तो भी यह अधिकतर स्व-हस्ताक्षरित होता है, और उस तरह के यातायात को रोकना बहुत आसान है, जिसका अर्थ है कि आपका रूट पासवर्ड बहुत आसानी से मिल सकता है एन्क्रिप्शन का उपयोग किया जाता है, क्योंकि यह स्पष्ट पाठ में भेजा जाता है।
यदि आपको वास्तव में फ़ाइलों को स्थानांतरित करने के लिए रूट का उपयोग करने की आवश्यकता है, तो एसएफटीपी का उपयोग करें, जो एसएसएच पर काम करता है और फिर एफ़टीपी अधिक सुरक्षित है, और पासवर्ड प्रमाणीकरण के बजाय लॉगिन के लिए एसएसएच कुंजी का उपयोग करें।
यदि आप रूट को अपने सर्वर पर SSH में लॉगिन करने की अनुमति दे रहे हैं, तो आप किसी भी SFTP क्लाइंट का उपयोग कर सकते हैं और रूट लॉगिन के साथ SSH पोर्ट से कनेक्ट कर सकते हैं।
कुछ SFTP ग्राहक हैं WinSCP तथा Tunnelier जो आपको SFTP पर फ़ाइलों को स्थानांतरित करने के लिए एक आसान ड्रैग और ड्रॉप फ़ाइल प्रबंधक प्रदान करता है