विभाजन के कई नुकसान हैं। एमबीआर एक पूरे "ट्रैक" को बर्बाद करता है। एक ट्रैक सेक्टर के सेक्टर की संख्या का आकार है, लेकिन एक वास्तविक डिस्क में सेक्टर हैं और सेक्टर का आकार 512o नहीं है। एक वास्तविक डिस्क में ब्लॉक होते हैं जो घूर्णन डिस्क के लिए 8 गुना बड़े होते हैं और फ्लैश डिवाइस के लिए बहुत बड़े होते हैं। अगले ट्रैक के लिए यह स्थानांतरण "तार्किक" क्षेत्रों को स्ट्राइड और स्ट्राइप का उपयोग करके "तार्किक" क्षेत्रों को संरेखित करना असंभव बना सकता है।
पुराने दिनों में आप एफएटी में सेक्टर के आकार को परिभाषित कर सकते थे, लेकिन एमबीआर ने इसे समाप्त कर दिया।
यदि आप डिस्क से बूट कर रहे हैं तो BIOS को पहले 512o के अंत में एक बूट हस्ताक्षर की आवश्यकता है ताकि यह पता चले कि यह लोड होने पर इसे चला सकता है। यदि आप ईएफआई चला रहे हैं तो नशे में हो। फ़ाइल सिस्टम को इसके लिए एक छेद की आवश्यकता होगी यदि इसे सिस्टम को बूट करने के लिए उपयोग किया जाना है।
XFS (ज्यादातर घूर्णन डिस्क पर / var का उपयोग किया जाता है) में ऐसा छेद नहीं होता है।