फ़ाइलों को पदानुक्रम या पेड़ों में प्रदर्शित किया जाता है, यह है कि अधिकांश भाग के लिए वे वास्तव में पदानुक्रम में हैं। फ़ाइलें फ़ोल्डर के अंदर होती हैं और अन्य फ़ोल्डर के अंदर होती हैं।
यदि आप फ़ाइलों के बीच संबंधों का प्रतिनिधित्व करने वाला एक कार्यक्रम चाहते हैं, उदाहरण के लिए, कौन से निष्पादनयोग्य निर्भर करते हैं कि कौन से dll (Windows में) या अन्य निष्पादन योग्य घटक या कॉन्फ़िगरेशन फ़ाइल या स्क्रिप्ट हैं, तो मुझे विश्वास नहीं होता कि वर्तमान में कोई उपकरण ऐसा करता है। इसके लिए प्रोग्रामर की आवश्यकता होती है, जिसमें हर प्रोग्राम का गहन ज्ञान हो, या एक मास्टर प्रोग्राम जो प्रत्येक फ़ाइल को क्वेरी करने और प्रत्येक और हर रिश्ते को खोजने में सक्षम हो।
एक संबंधित नोट पर, विंडोज लॉन्गहॉर्न (जो विस्टा बन गया) को मूल रूप से एक नई फाइल सिस्टम के रूप में माना जाता था, जो हर फाइल के डेटाबेस को प्रभावी ढंग से रखते हुए फ़ोल्डर्स और पदानुक्रम को एक समस्या से कम कर देता था और फिर प्रोग्राम केवल डेटाबेस को फाइल प्राप्त करने के लिए कहते थे। वो चाहते हैं। इस विचार को, दुर्भाग्य से, शिपिंग से पहले डंप किया गया था। विंडोज 7 में मेरे कंप्यूटर दृश्य में फ़ोल्डर्स हैं जो आपके विभिन्न उपयोगकर्ता निर्देशिकाओं के भीतर से विशेष प्रकार की सभी फ़ाइलों को एकत्र करते हैं ताकि, इन आभासी फ़ोल्डरों में से एक को देखकर आप अपने सभी दस्तावेजों, या अपने सभी चित्रों को देख सकें, जहां की परवाह किए बिना आपकी प्रोफ़ाइल निर्देशिका वे वास्तव में मौजूद हैं। यह एक समान लेकिन सरल अनुप्रयोग है जिसे MS लॉन्गहॉर्न में प्रयास कर रहा था।