मूल समस्या यह है कि फ़ाइल सिस्टम चेकर फ़ाइल सिस्टम का हिस्सा नहीं है (आमतौर पर)। इसके बजाय यह एक अलग प्रोग्राम है जो कर्नेल में फाइल सिस्टम कोड के समान डिस्क को पढ़ता और लिखता है। परिणामस्वरूप, यदि आप सक्रिय फ़ाइल सिस्टम पर fsck चलाते हैं, तो आपके पास दो अलग-अलग इकाइयाँ हैं जो एक ही डेटा (डिस्क) को पढ़ रही हैं (और संभवतः संशोधित कर रही हैं), लेकिन वे किसी भी तरह से एक दूसरे के साथ समन्वय नहीं कर रहे हैं। परिणाम, जैसा कि अन्य ने बताया है, अधिकांश चेकर्स उम्मीद करते हैं कि कोई और फ़ाइल सिस्टम मेटाडेटा को बदल नहीं रहा है जब वे चलते हैं। यदि कर्नेल फ़ाइल सिस्टम कुछ ऐसा बदलता है जो परीक्षक को उम्मीद नहीं है, तो वे भ्रमित हो जाएंगे और / या गलत त्रुटियों की रिपोर्ट करेंगे।
चेकर्स के साथ कुछ फ़ाइल सिस्टम हैं जिन्हें स्पष्ट रूप से "ऑन-लाइन" (यानी, जबकि फ़ाइल सिस्टम सक्रिय है) चलाने के लिए डिज़ाइन किया गया है। एफएफएस / यूएफएस के नए संस्करण फाइलसिस्टम के हाल के स्नैपशॉट के खिलाफ fsck चलाकर ऐसा करते हैं (एक रीड-ओनली, पॉइंट-इन-टाइम, कॉपी-ऑन-राइट प्रतिकृति)। यदि यह समस्याएँ ढूँढता है, जैसे कि आवंटन बिट-मैप में असंगतताएँ, तो यह उन्हें सिस्टम कॉल के माध्यम से सही करता है, बजाय कच्ची डिस्क पर लिखने के। यह इसे सक्रिय फ़ाइल सिस्टम के साथ समन्वय करने देता है।
NetApp के WAFL में एक ऑन-लाइन चेकिंग टूल भी है। शायद अन्य हैं।