SSH नेटवर्क सुरक्षा उपकरणों जैसे फायरवॉल और NAT करने वाली चीजों के प्रति अधिक सहिष्णु है। एफ़टीपी प्रसिद्ध रूप से फ़ायरवॉल के लिए मुश्किल है, और आम तौर पर एक वास्तविक आईपी पते (यानी कोई NAT) के लिए एक अंतिम बिंदु की आवश्यकता होती है।
SSH NAT को संभालने में बेहतर है। वास्तव में, दोनों छोर NAT के पीछे हो सकते हैं जो कि आम तौर पर FTP के साथ बहुत सारे क्रॉबर के बिना संभव नहीं है।
प्रोटोकॉल की मृत सरल प्रकृति के कारण एफ़टीपी आमतौर पर तेज़ है, हालांकि एसएफटीपी के सही संस्करण गति के उस स्तर तक पहुंच सकते हैं।
एफ़टीपी समर्थन सबसे आधुनिक ब्राउज़रों में बनाया गया है, जहां कोई भी मुझे एसएसएच के बारे में नहीं जानता है। वहाँ प्लगइन्स हो सकता है कि यह शर्म, हालांकि।
SSH बहुत अधिक सुरक्षित है, जो उपयोगकर्ता प्रमाणीकरण की अनुमति देता है। एफ़टीपी ऐसा समर्थन करता है, लेकिन स्पष्ट रूप से सादे पाठ पर ऐसा करता है, एक ऐसा तथ्य जो सबसे अधिक सुरक्षा नीतियों का खंडन करता है।
एफ़टीपी का उपयोग करने का एकमात्र कारण सार्वजनिक-फ़ाइल साझाकरण है। लिनक्स कर्नेल स्रोत रिपोजिटरी जैसी चीजें।