सॉफ्टवेयर पर जोर देने वाले पत्रों के प्रकाशन के लिए स्थान


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सॉफ्टवेयर कम्प्यूटेशनल विज्ञान का एक बुनियादी हिस्सा है, और तेजी से वैज्ञानिक रिकॉर्ड के एक अनिवार्य हिस्से के रूप में मान्यता प्राप्त है। मौजूदा और अच्छी तरह से परीक्षण किए गए कोड का उपयोग करने के मूल्य को देखते हुए, यह उपयोगी कोड के अस्तित्व को यथासंभव व्यापक रूप से संवाद करने और अपने रचनाकारों को श्रेय देने के लिए सार्थक लगता है। एक अकादमिक सेटिंग में, इसका अर्थ है कुछ कागजात प्रकाशित करना जो मुख्य रूप से सॉफ्टवेयर पर केंद्रित हैं।

विद्वानों के काम को कोई प्रकाशित कहां कर सकता है जिसका प्राथमिक ध्यान कम्प्यूटेशनल सॉफ्टवेयर है? पूरी तरह से स्पष्ट होने के लिए, मैं उन कार्यों का उल्लेख कर रहा हूं जिनमें किसी भी नए गणित, एल्गोरिदम आदि शामिल नहीं हो सकते हैं - वे वास्तव में सॉफ्टवेयर पर केंद्रित हैं।

मुझे उन लोगों से सुनने में भी दिलचस्पी होगी जिन्होंने इस तरह के पत्र इन पत्रिकाओं को प्रस्तुत किए हैं, अनुभव कैसा था और वे किन स्थानों की सलाह देते हैं।


दिए गए उत्तरों का सारांश:


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चूंकि यह अंततः हमारे समुदाय के लिए आने वाला है, और आप एक मॉड हैं, आपके पास बहुत कम स्वीकार दर है। इसके अलावा, यह एक ऐसा प्रश्न प्रतीत होता है, जहाँ कोई संभव नहीं है सही उत्तर - शायद इसका CW चारा?
फोमाइट

पत्रिकाएं क्या हैं, जहां मैं मुफ्त में सॉफ्टवेयर प्रकाशित कर सकता हूं? मैंने अपने सॉफ़्टवेयर को (विज्ञान के सामान्य क्षेत्रों) में प्रकाशित करने का निर्णय लिया है, लेकिन अधिकांश पत्रिकाओं को मुझे कुछ मोटी राशि का भुगतान करने की आवश्यकता है।
Eular

जवाबों:


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सूची के लिए कुछ अन्य अनुप्रयोग-विशिष्ट पत्रिकाएँ हैं: जैसे कि कम्प्यूटेशनल भौतिकी या कंप्यूटर भौतिकी संचार , जो एल्गोरिदम के साथ-साथ उन्हें लागू करने के लिए उपयोग किए जाने वाले सॉफ़्टवेयर दोनों के लेखों को स्वीकार करते हैं। यदि आप रसायन विज्ञान के क्षेत्र में हैं, तो जर्नल ऑफ़ केमिकल थ्योरी और कम्प्यूटेशन विचार करने के लिए एक और पत्रिका हो सकती है। ये सभी पैकेज प्रकाशित करने की अनुमति देते हैं - मैंने उन कोडों को देखा है जिनका मैंने उनमें उपयोग किया है। कंप्यूटर और केमिकल इंजीनियरिंग सॉफ्टवेयर कार्यान्वयन कागजात की अनुमति देता है, लेकिन उन्हें कुछ मूल करने की आवश्यकता है - यह "वृद्धिशील अग्रिम" कागज नहीं हो सकता है।


कंप्यूटर और केमिकल इंजीनियरिंग के उद्देश्य और दायरे के अनुसार , "सॉफ्टवेयर कार्यान्वयन की रिपोर्ट में अत्याधुनिक प्रौद्योगिकियों के उपन्यास उपयोग की सुविधा होनी चाहिए।" यह मेरे लिए उस वाक्यांश से बिलकुल भी स्पष्ट नहीं है कि कोई अग्रिम कितना कुछ नया कर देगा, लेकिन पत्रिका में ही उदाहरण हैं।
ज्योफ ऑक्सबेरी

क्या आप मुझे एक जेसीपी पेपर की ओर इशारा कर सकते हैं जिसका प्राथमिक जोर सॉफ्टवेयर है?
डेविड केचेसन

एंडरसन एट अल। कागज है कि मूल रूप से HOOMD शुरू किया है। मुझे लगता है कि एक व्यक्ति यह कह सकता है कि वे कोड की तुलना में "कार्यान्वयन" पर अधिक ध्यान केंद्रित कर रहे हैं, लेकिन एक निश्चित बिंदु पर, दोनों को पूरी तरह से अलग मानना ​​मुश्किल है।
ऐनीमेल

हम्म्म्म, हाँ, जब मैंने प्रश्न लिखा था, तो मैं प्रदर्शन-उन्मुख पत्रों के बारे में नहीं सोच रहा था, लेकिन यह एक ग्रे क्षेत्र है।
डेविड केचेसन

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इंजीनियरिंग सॉफ्टवेयर में अग्रिम एक अच्छा है और आवेदन बहुत व्यापक रूप से भिन्न होते हैं।

सांख्यिकीय सॉफ्टवेयर के जर्नल एक और एक है कि सॉफ्टवेयर पर केंद्रित है, लेकिन आवेदन विशेष है। इसमें बहुत सारे आर।

मुझे यह जोड़ना चाहिए कि मैंने इनमें से किसी में भी प्रकाशित नहीं किया है, इसलिए मैं उस अनुभव से बात नहीं कर सकता, लेकिन मैं उनका अनुसरण करता हूं और लेख को अच्छी गुणवत्ता वाला पाता हूं।


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मैंने कुछ सॉफ्टवेयर पेपर प्रकाशित किए हैं। एक जीव विज्ञान और चिकित्सा में बीएमसी स्रोत कोड में था - मल्टीस्केल सिस्टम इम्यूनोलॉजी परियोजना: सेल आधारित इम्युनोलॉजिकल सिमुलेशन और PLoS वन के लिए सॉफ्टवेयर - जीनोम वाइड एसोसिएशन स्टडीज से एसएनपी डेटा के लिए डेटाबेस प्रबंधन

ये दो बहुत अलग परियोजनाएं हैं। पूर्व एक सिमुलेशन एजेंट-आधारित प्रणाली है जो मॉडल इम्यूनोलॉजी सिस्टम के लिए लिखा गया है, इसलिए कम्प्यूटेशनल जीव विज्ञान के अंतर्गत आता है। बाद वाला एक GWAS संदर्भ में एसएनपी डेटा का प्रबंधन करने के लिए एक डेटाबेस-आधारित प्रणाली है, इसलिए जैव सूचना विज्ञान के अंतर्गत आता है।

जहां तक ​​प्रकाशन का अनुभव हुआ - गणितीय पत्रों की तुलना में प्रतीक्षा समय कम था, जो अच्छा था। समीक्षकों ने मुझे कठिन समय नहीं दिया, जो अच्छा भी था। विपक्ष की ओर से, एक सॉफ्टवेयर पेपर प्रकाशित करना काफी समय लेने वाला है। आपके पास उपयोगकर्ता के दस्तावेज़ का उल्लेख नहीं करने के लिए एक पेपर प्लस एक कोडबेस है।

एक बात जो मुझे परेशान करने वाली लगी, वह यह थी कि मैंने कम सबूत देखे कि समीक्षकों ने वास्तव में सॉफ्टवेयर चलाने के लिए एक प्रयास किया था और शून्य साक्ष्य वे कोड डिजाइन को समझ गए थे या यहां तक ​​कि कोड को देखा था। ऊपर की दोनों पत्रिकाओं में दो समीक्षक रिपोर्ट थीं। पूर्व (BMC) मामले में, एक समीक्षक ने संकेत दिया कि उसने सॉफ़्टवेयर को स्थापित / चलाने का प्रयास किया था और विफल (एक ऐसा मुद्दा जिसे हमने संबोधित किया था), लेकिन चार समीक्षाओं में, यह एकमात्र ऐसा था जिसने विशेष रूप से वास्तविक सॉफ़्टवेयर के बारे में कुछ भी उल्लेख किया था। अधिकांश टिप्पणियां अधिक सामान्य थीं, वैज्ञानिक मुद्दों और संबोधित बिंदुओं के बारे में जो मैंने पेपर में किए थे। कुल मिलाकर, मैंने उन भावनाओं को प्राप्त किया जो समीक्षकों ने ज्यादातर सिर्फ कागज को पढ़ा था। एक आदर्श दुनिया में, एक समीक्षक को सॉफ्टवेयर डिजाइन और कोड विवरण में कुछ रुचि होगी, जिसमें प्रदर्शन, निर्भरता, पोर्ट्रेट जैसे मुद्दे शामिल हैं, एक्स्टेंसिबिलिटी, और परीक्षण। एसएनपीपी के समीक्षकों ने पोर्टेबिलिटी और एक्स्टेंसिबिलिटी के बारे में पूछा। जैसा कि मैंने कागज में दावा किया था कि सॉफ्टवेयर पोर्टेबल और एक्स्टेंसिबल दोनों था, लेकिन मुझे नहीं लगता कि वे वास्तव में कोड को देखते थे। निष्पक्षता में, एक गैर-तुच्छ कोडबेस के बारे में विचार प्राप्त करना कठिन काम है, और शायद इससे अधिक की उम्मीद एक अवैतनिक समीक्षक से की जा सकती है।

मैंने इन दोनों पत्रों के लिए LaTeX का इस्तेमाल किया। PLoS मामले में, इसमें बहुत सी छलांगें शामिल थीं, पांडुलिपि को देखने के लिए जिस तरह से वे चाहते थे, वैसा दिखने के लिए, क्योंकि वे वास्तव में LaTeX का उपयोग नहीं करते थे और कुछ रूपांतरण कार्यक्रम चला रहे थे। PLoS ने मेरे आंकड़ों को परिवर्तित करने में गड़बड़ी की, जो TikZ का उपयोग करके किए गए थे, और बहुत अच्छे थे, लेकिन आपको यह नहीं पता होगा कि यह उनके संस्करण की तलाश में है। यह भी ध्यान देने योग्य है कि PLoS पांडुलिपि प्रमाण प्रदान नहीं करता है।


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कम्प्यूटेशनल रसायन विज्ञान के जर्नल (विशेष लेख अनुभाग) और क्वांटम रसायन विज्ञान के इंटरनेशनल जर्नल सॉफ्टवेयर और एल्गोरिदम पर रिपोर्ट।


मुझे कम्प्यूटेशनल केमिस्ट्री के जर्नल के उद्देश्य और कार्यक्षेत्र में ऐसा कुछ नहीं दिखता है। क्या आप जर्नल में सॉफ्टवेयर पेपर के उदाहरणों की ओर इशारा कर सकते हैं?
डेविड केचेसन

उनके पास विशेष रूप से सॉफ़्टवेयर के लिए "सॉफ़्टवेयर समाचार और अपडेट" अनुभाग है। "विशेष लेख प्रकार" के तहत लेखक के दिशानिर्देश ( onlinelibrary.wiley.com/journal/10.1002/(ISSN)1096-987X/… ) देखें ।
खिनसेन

JCompChem बड़े सॉफ़्टवेयर पैकेजों के अपडेट की रिपोर्ट करने के लिए एक जगह है, लेकिन एल्गोरिथमिक कार्य के लिए सबसे अच्छे स्थान से बहुत दूर है। IJQC पिछले 20 वर्षों में काफी नीचे खड़ा है। यह आजकल तीसरी या चौथी श्रेणी की पत्रिका है। बहुत कम सॉफ़्टवेयर या एल्गोरिथ्म कार्य की रिपोर्ट की जाती है और जो अपेक्षाकृत अप्रभावित होता है।
जेफ

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दो जिसे मैंने अभी तक इस सूची में नहीं देखा है, जो किसी बिंदु पर मेरे अलावा किसी के लिए भी रुचि का हो सकता है, अमेरिकन जर्नल ऑफ एपिडेमियोलॉजी एंड एपिडेमियोलॉजी है

यदि आपने चतुर सॉफ़्टवेयर लिखा है तो कुछ एपिडेमियोलॉजिस्ट देखभाल करते हैं, तो वे इसे अच्छी तरह से प्रकाशित कर सकते हैं। मैंने हाल ही में एसएएस मैक्रोज़ पर कम से कम छोटे लेखों को देखा है ताकि कुछ अधिक परिष्कृत सांख्यिकीय विश्लेषण को पूरा किया जा सके, एक ऐसा कार्यक्रम जो ज्वाइन-पॉइंट रिग्रेशन करता है, और एक है जो निर्देशित एसाइक्लिक ग्राफ के साथ कुछ क्षेत्र-विशिष्ट चीजें करता है।

उल्लेखित प्रकाशनों में से एक महामारी विज्ञान में था : http://journals.lww.com/epidem/Fulltext/2011/09/09/DAGitty__A_Graphical_Tool_for_Analyzing_Causal.22.aspx

न तो मैं जिस पत्रिका पर संदेह करता हूं और कहता हूं कि वे सॉफ्टवेयर पर लेख खोज रहे हैं - एक अनुशासन में क्षेत्र-विशिष्ट पत्रिकाओं के साथ क्या है जो सॉफ्टवेयर नहीं है, लेकिन सॉफ्टवेयर सहित विश्लेषण असामान्य नहीं है, और लिंक एक उदाहरण है लेख एक सॉफ्टवेयर उत्पाद पर पूरी तरह से ध्यान केंद्रित कर रहा है।

AJE:

महामारी विज्ञान या सांख्यिकीय विधियों (जैसे सांख्यिकीय तकनीकों के कार्यान्वयन या साक्षात्कार रणनीतियों के मूल्यांकन) के व्यावहारिक अनुप्रयोग से निपटने वाले पेपर्स प्रैक्टिस ऑफ़ एपिडेमियोलॉजी नामक अनुभाग में प्रकाशित होते हैं।

महामारी विज्ञान: उपरोक्त लेख को एक पत्र के रूप में प्रकाशित किया गया था। वे सॉफ़्टवेयर समीक्षाएं भी स्वीकार करते हैं, यदि आपको एक दोस्ताना सहयोगी या क्षेत्र में कोई ऐसा व्यक्ति मिला है, जिसे रुचि हो सकती है।

मैं एक तथ्य के लिए जानता हूं कि वे कोड के साथ इलेक्ट्रॉनिक सप्लीमेंट को प्रोत्साहित करते हैं, और मेरे पास कम से कम एक गीथब रिपॉजिटरी के लिंक के साथ समीक्षा की गई है।


क्या आप विशिष्ट उदाहरणों के लिंक प्रदान कर सकते हैं? मुझे जर्नल विवरण में सॉफ़्टवेयर के बारे में कुछ भी नहीं दिखता है।
डेविड केचेसन

@DavidKetcheson अनुरोध के अनुसार
Fomite


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जर्नल ऑफ मशीन लर्निंग रिसर्च (JMLR) में 'मशीन लर्निंग ओपन सोर्स सॉफ्टवेयर' ट्रैक है। यह काफी चयनात्मक है (जो मुझे लगता है कि अच्छी बात है)। पत्रिका पूरी तरह से स्वतंत्र है (लेखकों और पाठकों के लिए) और स्वयंसेवकों द्वारा चलाया जाता है।


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गणितीय अनुकूलन सोसायटी ने हाल ही में जर्नल का शुभारंभ किया

गणितीय प्रोग्रामिंग संगणना

उनके "एम्स एंड स्कोप" से:

गणितीय प्रोग्रामिंग संगणना (MPC) मूल अनुसंधान लेखों को गणितीय अनुकूलन में कम्प्यूटेशनल मुद्दों को कवर करती है। अभिनव सॉफ्टवेयर, तुलनात्मक परीक्षण, मॉडलिंग वातावरण, डेटा के पुस्तकालयों और / या अनुप्रयोगों पर लेख रिपोर्ट। पत्रिका की एक मुख्य विशेषता प्रस्तुत पांडुलिपियों के साथ सॉफ्टवेयर और डेटा को शामिल करना है।

विषयों के संबंध में, वे लिखते हैं:

एमपीसी में शामिल विषयों में रेखीय प्रोग्रामिंग, उत्तल अनुकूलन, नॉनलाइनियर ऑप्टिमाइज़ेशन, स्टोचस्टिक ऑप्टिमाइज़ेशन, मजबूत अनुकूलन, पूर्णांक प्रोग्रामिंग, कॉम्बीनेटरियल ऑप्टिमाइज़ेशन, ग्लोबल ऑप्टिमाइज़ेशन, नेटवर्क एल्गोरिदम और मॉडलिंग भाषाएँ शामिल हैं।


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विज्ञान और इंजीनियरिंग में कम्प्यूटिंग एक और विकल्प है। यह एक वैज्ञानिक पत्रिका (रेफरी फीचर लेखों के साथ) और एक पत्रिका (अपरिष्कृत नियमित कॉलम के साथ) का हाइब्रिड है। यह उन लेखों को प्रकाशित करता है, जिनके पाठकों को दिलचस्प लगने की संभावना है। सॉफ्टवेयर के बारे में एक लेख में इस प्रकार कुछ दिलचस्प सामग्री शामिल होनी चाहिए, उदाहरण के लिए इस्तेमाल की जाने वाली विशिष्ट तकनीकों के बारे में, जो कि सॉफ्टवेयर की तुलना में व्यापक दर्शकों के लिए उपयोगी हैं।

मुझे शायद जोड़ना चाहिए कि मैं इस पत्रिका के संपादकीय बोर्ड का सदस्य हूं।


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वैज्ञानिक प्रोग्रामिंग एक विकल्प है जो वैज्ञानिक सॉफ्टवेयर लिखने में कार्यरत प्रोग्रामिंग तकनीकों पर ध्यान केंद्रित करने की अनुमति देता है। (प्रकटीकरण: मैं संपादकीय सलाहकार बोर्ड में हूं।)


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"वैज्ञानिक प्रोग्रामिंग" के लिए लिंक?
फहीम मीठा

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कुछ एप्लिकेशन विशिष्ट जर्नल हैं

कंप्यूटर और भूविज्ञान, कंप्यूटर और तरल पदार्थ, कंप्यूटर और संरचनाएं,

आदि।


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क्या आप उन सॉफ्टवेयर के बारे में लेख प्रकाशित कर सकते हैं? यह उनके "उद्देश्य और कार्यक्षेत्र" से मुझे स्पष्ट नहीं है। ऐसा लगता है कि लेखों में नए एल्गोरिदम या नए अनुप्रयोगों को शामिल करने की उम्मीद है।
डेविड केचेसन
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