आणविक कंपन की कल्पना करने के लिए कौन से खुले स्रोत उपकरण उपलब्ध हैं?

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मैं एक आणविक कंपन की कल्पना करना चाहूंगा जो एक सामान्य विधा नहीं है। मैं गति का एक स्थिर, सदिश प्रतिनिधित्व प्रस्तुत करना चाहूंगा, और मैं सदिश शैली (आकार, रंग आदि) में कुछ लचीलापन चाहूंगा। मुझे कंपन का वीडियो बनाने में भी दिलचस्पी है।

आणविक कंपन प्रदर्शित करने के लिए कुछ अच्छे संसाधन क्या हैं?

मेरी प्राथमिकता ओपन सोर्स टूल्स के लिए है, लेकिन मैं वाणिज्यिक सॉफ्टवेयर का उपयोग करके मनोरंजन करूंगा अगर यह वास्तव में बेहतर है तो विकल्प।

computational-chemistry

— यान
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मेरा मानना है कि vtk ओपन-सोर्स है और यह बहुमुखी प्रतिभा और उपयोगकर्ता-मित्रता के मामले में बहुत बढ़िया है।

— शुआओ काओ

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क्या Pymol या VMD आपके वीडियो की जरूरतों के लिए एक उपयुक्त उपकरण होगा? (VMD में कम से कम Tk / Tcl स्क्रिप्टिंग विशेषताएं शामिल हैं।) VMD का उपयोग करने के लिए आपको अपने ज्यामिति के PDB जैसे विवरण की आवश्यकता होगी; यह संभवतः Pymol के लिए भी पर्याप्त होगा (लेकिन मैंने Pymol का उपयोग नहीं किया है, इसलिए शायद कोई और उस पर टिप्पणी कर सकता है)।

— aeismail
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जिस तरह से मैं करूँगा वह शायद होगा:

आणविक ज्यामिति को अवोगाद्रो में डालें
दृश्य को ठीक उसी तरह सेट करें जैसा मैं चाहता हूं
POVRay को निर्यात करें , रेंडर नहीं कर रहा है लेकिन इनपुट फ़ाइल को रख रहा है
POVRay फ़ाइल में कौन सा परमाणु है, इस पर काम करें
सिलेंडर और शंकु का उपयोग करके वैक्टर जोड़ें (संभवतः इसे आसान और नेत्रहीन रूप से सुसंगत बनाने के लिए एक मैक्रो को परिभाषित करने के लिए मैक्रो का उपयोग करके)

Avogadro POVRay और ffmpeg का उपयोग करते हुए एनिमेशन के लिए XYZ- स्वरूपित इनपुट के दृश्यों को भी प्रस्तुत कर सकता है, लेकिन यह कुछ ऐसा नहीं है जिसकी मैंने कोशिश की है जब से मैं इस समय विंडोज का उपयोग कर रहा हूं और Avogadro को यह निर्दिष्ट करने का विकल्प नहीं है कि पॉवेरे निष्पादन योग्य कहां है अगर यह आपके रास्ते में नहीं है।

फिर से इस बात पर निर्भर करता है कि आप पायथन एफिसिओनाडो हैं या नहीं, आप वैकल्पिक रूप से एवोगैड्रो पायथन कंसोल का उपयोग करके परमाणुओं पर बलों को सेट करने में सक्षम हो सकते हैं और फिर एवोगैडरो में बल वेक्टर प्रदर्शन का उपयोग कर सकते हैं, लेकिन ऐसा कुछ है जो मैंने या तो कोशिश की है।

मैं किसी भी पूरी तरह से सुविधाजनक उपकरण से अवगत नहीं हूं जो आपको सीधे कंपन मापदंडों में डाल देता है और उन्हें कल्पना या चेतन करता है, हालांकि।

— Aesin
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एक नया VMD प्लगइन NMWiz है जो सहायक हो सकता है। NMWiz सामान्य मोड विज़ार्ड के लिए खड़ा है, लेकिन यह किसी भी वेक्टर का कंपन का वर्णन करने में मदद करेगा। NMWiz, VMD के नवीनतम संस्करण 1.9.1 में उपलब्ध है, जो अभी बीटा परीक्षण कर रहा है।

NMWiz के लिए इनपुट फ़ाइल प्रारूप एक सरल है, जिसे NMD कहा जाता है । निर्देशांक के लिए एक लाइन और आपके वेक्टर के लिए दूसरी लाइन पर्याप्त है। आप तीर दिखा सकते हैं, स्केल कर सकते हैं, आकार बदल सकते हैं, उन्हें जिस तरह से आप चाहते हैं, रंग दे सकते हैं। यह मक्खी पर एक प्रक्षेपवक्र उत्पन्न करके एनिमेशन (कंपन) भी उत्पन्न कर सकता है और आप वीएमडी से उच्च गुणवत्ता की फिल्म बना सकते हैं।

— Abakan
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मुझे उस कार्य के लिए किसी भी तैयार ("पॉइंट-एंड-क्लिक") टूल के बारे में जानकारी नहीं है। लेकिन के संयोजन का उपयोग कर

आप कुछ पायथन ज्ञान को देखते हुए जल्दी से अच्छा परिणाम प्राप्त कर सकते हैं। वास्तव में, एक बहुत ही समान स्क्रिप्ट आणविक मॉडलिंग टूलकिट के साथ एक उदाहरण के रूप में प्रदान की जाती है। उदाहरण / विज़ुअलाइज़ेशन / वेक्टर_फ़ील्ड_चिमेराकोम या उदाहरण / विज़ुअलाइज़ेशन / वेक्टर_फ़ील्ड_एमडीएमओ देखें। स्क्रिप्ट में अपने कंपन डेटा को प्राप्त करने के लिए आपको सामान्य मोड गणना की जगह लेने की आवश्यकता है।

— khinsen
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क्या आपने मोलकेल में देखा है ? यदि आपको केवल कंपन की (गैर-भिन्नात्मक) अतिवृद्धि की आवश्यकता है, तो मोलेकेल को आपकी आवश्यकताओं को पूरा करना चाहिए।

— मरणासन्न
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NWChem में एक फिल्म में xyz निर्देशांक की सूची को चालू करने के लिए एक स्क्रिप्ट शामिल है। NWChem अपाचे-शैली लाइसेंस के तहत OSS है ताकि आप फिर से उपयोग करना चाहें।

आणविक स्पंदनों के विज़ुअलाइज़ेशन के लिए, मैं मोल्डन, ईसीसीई, एवोगैड्रो और जेमोल का उपयोग करता हूं। सभी ओएसएस (ईसीसीई केवल हाल ही में) हैं। आप उन्हें हैक कर सकते हैं जो आप चाहते हैं।

— जेफ
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