B3LYP को गॉसिन 0 *, गामा-यूएस, मोल्प्रो, ... आदि में कैसे लागू किया गया है?

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विशेष रूप से मैं G3sP 03 के साथ शुरू B3LYP से जुड़े काम को आगे बढ़ाना चाहता हूं, लेकिन GAMESS-US के साथ जारी रखा। डिफ़ॉल्ट B3LYP विधियों द्वारा प्रदान की गई ऊर्जाएं समान नहीं हैं। गामा-यूएस मैनुअल (आगे की सूचना अनुभाग) में इसके बारे में चर्चा है:

ध्यान दें कि GAMESS में B3LYP VWN5 इलेक्ट्रॉन गैस सहसंबंध कार्यात्मक पर आधारित है। चूंकि स्थानीय सहसंबंध के बारे में VWN पेपर में उल्लिखित दो संभावित मापदंडों के साथ पांच सूत्र हैं, अन्य प्रोग्राम अन्य विकल्पों का उपयोग कर सकते हैं, और इसलिए विभिन्न B3LYP ऊर्जा उत्पन्न करते हैं। उदाहरण के लिए, NWChem के मैनुअल का कहना है कि यह "मोंटे कार्लो मापदंडों के विपरीत आरपीए मापदंडों के साथ" VWN 1 कार्यात्मक का उपयोग करता है। क्या आपको B3LYP हाइब्रिड में इस VWN1 फॉर्मूला का उपयोग करना चाहिए, बस "DFTTYP = B3LYP1" चुनें।

यह कहता है कि गामा और NWCHEM के बीच चूक अलग-अलग हैं और यह है कि GAMESS को उसी गणना के लिए प्राप्त करना है जैसा कि NWCHEM डिफ़ॉल्ट रूप से कर रहा है।

मुझे सहमत होने के लिए G03 और GAMESS B3LYP की गणना कैसे करनी चाहिए?

B3LYP के विभिन्न सॉफ्टवेयर पैकेजों के डिफ़ॉल्ट कार्यान्वयन और उनकी क्षमताओं के बीच अंतर क्या हैं, अर्थात उनकी B3LYP परिभाषाएं / कार्यान्वयन समायोजित किए जा सकते हैं?

computational-chemistry density-functional-theory

— यान
स्रोत

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ऐसिन पहले से ही आपके प्रश्न का हिस्सा है। मैं आपको GAMESS (यूएस) के बारे में कुछ और जानकारी प्रदान कर सकता हूं।

गामा (यूएस) को बी 3 एलपी के समान 'प्रकार' का उपयोग गॉसियन 03 के रूप में करना संभव है। इसके लिए, आपको "डीएफटी = बी 3 एलईपी 1" निर्दिष्ट करने की आवश्यकता है जैसा कि आपने अपने प्रश्न में पहले ही उल्लेख किया है। यह V3 सूत्र 1 RPA स्थानीय सहसंबंध के साथ B3LYP का चयन करता है, जो कि मेरे ज्ञान का सबसे अच्छा रूप है, वे कुछ अन्य कार्यक्रमों (जैसे गॉसियन 03) में VWN सूत्र III के समान हैं।

बेशक, दोनों कार्यक्रमों में समान कार्यात्मक चुनना समान परिणाम प्राप्त करने की एकमात्र आवश्यकता नहीं है। कुछ अन्य बातों पर विचार करना है:

बेसिस सेट। दोनों कार्यक्रमों को सटीक एक ही आधार सेट का उपयोग करना है। यदि आप Gaussian में आंतरिक रूप से संग्रहीत आधार सेट का उपयोग कर रहे हैं (जैसे, उदाहरण के लिए, 6-31G (d, p)), तो आप Gaussian को आधार अनुभाग में कीवर्ड GFINPUT जोड़कर आधार सेट विवरण प्रिंट कर सकते हैं। GAMESS (यूएस) के प्रिंट अपने मुख्य आउटपुट में विवरण सेट करते हैं।
ग्रिड आकार। डिफ़ॉल्ट रूप से, गाऊसी 03 (75,302) ग्रिड का उपयोग करता है जबकि गामा (यूएस) एक (96,302) ग्रिड का उपयोग करता है। गौसियन में, ग्रिड आकार को INT कीवर्ड द्वारा नियंत्रित किया जा सकता है। GAMESS (US) में, आपको $ DFT समूह में NRAD और NLEB कीवर्ड पर एक नज़र रखना चाहिए। ग्रिड के प्रकार में भी फर्क पड़ेगा, लेकिन मेरी जानकारी के अनुसार, GAMESS (US) और गाऊसी समान ग्रिड का उपयोग करते हैं।
इंटीग्रल कटऑफ। दोनों कार्यक्रम बहुत छोटे अभिन्नों की उपेक्षा करते हैं, क्योंकि यह सटीकता पर महत्वपूर्ण प्रभाव डाले बिना गणना को गति देगा। हालांकि, दो कार्यक्रमों के बीच कटऑफ कारक भिन्न हो सकते हैं, जिससे थोड़ा अलग परिणाम हो सकता है। गाऊसी 03 में, आप IOP (3/27) के साथ कटऑफ कारक को नियंत्रित कर सकते हैं। GAMESS (US) में, आप $ CONTRL में ICUT कीवर्ड का उपयोग कर सकते हैं।
एससीएफ अभिसरण। गाऊसी सामान्य रूप से SCI प्रक्रिया के लिए EDIIS और CDIIS का उपयोग करता है जबकि GAMESS (US) DIIS या SOSCF का उपयोग करता है। दोनों तरीकों को एक ही समाधान की ओर अभिसरण करना चाहिए, बशर्ते कि आपका मामला डीएफटी के लिए बहुत जटिल न हो। हालाँकि, आपको बहुत कड़े अभिसरण मानदंड निर्दिष्ट करने चाहिए, यदि आप दोनों कार्यक्रमों से प्राप्त ऊर्जा की तुलना करना चाहते हैं।
ज्यामिति अनुकूलन के संबंध में: गाऊसी और गामा (अमेरिका) बहुत अलग समन्वय प्रणाली, ज्यामिति अनुकूलक और अभिसरण मानदंड का उपयोग करते हैं। दोनों कार्यक्रमों को ठीक उसी ज्यामिति के अनुकूल बनाना कठिन है, शायद असंभव भी।

आपके खाते में लेने के लिए अन्य छोटे अंतर हो सकते हैं। हो सकता है कि हार्ट्री-फॉक गणना के साथ शुरू करना सबसे अच्छा है, और देखें कि क्या दो प्रोग्राम एक ही एससीएफ ऊर्जा प्राप्त करते हैं - यह समीकरण के कार्यात्मक और डीएफटी ग्रिड में अंतर लेता है।

उम्मीद है की यह मदद करेगा।

— थॉम
स्रोत

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B3LYP का गाऊसी कार्यान्वयन मैनुअल के अनुसार VWN3 कार्यात्मक का उपयोग करता है ।

गाऊसी बनाने के लिए इसके बजाय VWN5 कार्यात्मक का उपयोग करना थोड़ा मुश्किल है, लेकिन जाहिर तौर पर निम्नलिखित सभी को मार्ग रेखा में जोड़कर किया जा सकता है:

bv5lyp - कौन से कार्यात्मक घटक निर्दिष्ट करने के लिए - बेक एक्सचेंज, और VWN5 स्थानीय, LYP गैर-स्थानीय सहसंबंध।
iop(3/76=1000002000) - 20% एचएफ एक्सचेंज, प्लस
iop(3/77=0720008000) - 72% बेके गैर-स्थानीय विनिमय, प्लस 80% स्लेटर स्थानीय विनिमय, प्लस
iop(3/78=0810010000) - 81% LYP गैर-स्थानीय सहसंबंध, प्लस V5LYP VWN5 स्थानीय सहसंबंध का 100%।

(आप देख सकते हैं कि लोग IOP कीवर्ड का उपयोग करने से बचने की कोशिश क्यों करते हैं।) इनका उपयोग करने के बारे में अधिक जानकारी गौसियन मैनुअल के उपरोक्त डीएफटी कीवर्ड पेज पर है। 'यूजर-डिफाइन्ड मॉडल्स' के तहत, ।

मैं GAMESS से परिचित नहीं हूं, लेकिन B3LYP के VWN3 संस्करण का उपयोग करने का विकल्प प्रतीत नहीं होता है, इसलिए ऐसा नहीं लगता कि आप दूसरे तरीके से जा सकते हैं।

इन के लिए और अन्य पैकेजों में अनुकूलन क्षमता के रूप में, मुझे पता है कि टर्बोमोल ने बी 3 एलईपी (VWN5 का उपयोग करके) और B3LYP_Gaussian (VWN3 का उपयोग करके) सूचीबद्ध किया है, और ADF के लिए मैनुअल आपको सुझाव देता है कि आप केवल B3LYP के लिए VWN5 कर सकते हैं, लेकिन आप HF की राशि को ट्वीक कर सकते हैं विनिमय यदि आप कुछ करना चाहते हैं।

— Aesin
स्रोत

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NWChem के बिल्ट-इन B3LYP को गॉसियन, मॉडुलो द ग्रिड एंड टॉलरेंस मुद्दों के साथ सहमत होना माना जाता है जो थॉम्स के उत्तर में दिया गया है। आप कोई भी कार्यात्मक प्रपत्र लिख सकते हैं, जिसके लिए घटकों को स्पष्ट XC इंटरफ़ेस का उपयोग करके समर्थित किया गया है: http://www.nwchem-sw.org/index.php/Density_Functional_The_ory_for_Molecules#XC_and_DECOMP_--_Exchange-Correlation_Potentials ।

मैं मानता हूं कि प्रश्न का उत्तर पहले ही दिया जा चुका है, लेकिन मैं NWChem विवरण को पूर्णता के लिए जोड़ना चाहता था क्योंकि प्रश्न GAMESS = NWChem = गाऊसी बनाने की इच्छा को इंगित करता है।

एक साइड नोट के रूप में, डाल्टन B3LYP और B3LYP-G का समर्थन करता है। बाद वाला गाऊसी के साथ सहमत है, जबकि पूर्व अधिक विहित संस्करण है जो GAMESS से सहमत हो सकता है।

— जेफ
स्रोत