आप अपेक्षाकृत कम मुद्दों के साथ दोनों का उपयोग कर सकते हैं। Twitter बूटस्ट्रैप jQuery 1.7.1 (इस लेखन के रूप में) का उपयोग करता है, और मैं किसी भी कारण के बारे में नहीं सोच सकता कि आप अपने HTML टेम्पलेट्स में अतिरिक्त Jquery UI घटकों को एकीकृत क्यों नहीं कर सकते।
मैं एचटीएमएल 5 बॉयलरप्लेट और ट्विटर बूटस्ट्रैप के संयोजन का उपयोग कर रहा हूं, जो Initializr.com पर बनाया गया है। यह दो शानदार स्टार्टर टेम्पलेट्स को एक महान स्टार्टर प्रोजेक्ट में जोड़ती है। Http://html5boilerplate.com/ और http://www.initializr.com/ पर विवरण देखें या अभी शुरू करने के लिए, http://www.initializr.com/ पर जाएं , "बूटस्ट्रैप 2" पर क्लिक करें बटन, और "इसे डाउनलोड करें" पर क्लिक करें। यह आपको सभी जेएस और सीएसएस देगा जो आपको आरंभ करने की आवश्यकता है।
और HTML5 और CSS3 से डरें नहीं। शुरुआती और HTML5 बॉयलरप्लेट में पॉलीफिल और IE विशिष्ट कोड शामिल हैं जो IE 6, 7 8, और 9 में सभी सुविधाओं को काम करने की अनुमति देगा।
ट्विटर बूटस्ट्रैप में LESS का उपयोग भी वैकल्पिक है। वे बूटस्ट्रैप द्वारा उपयोग किए जाने वाले सभी सीएसएस को संकलित करने के लिए LESS का उपयोग करते हैं, लेकिन यदि आप बस अपनी शैलियों को ओवरराइड या जोड़ना चाहते हैं, तो वे उस उद्देश्य के लिए एक खाली सीएसएस फ़ाइल प्रदान करते हैं।
आपके लिए कस्टम कोड जोड़ने के लिए एक रिक्त js फ़ाइल (script.js) भी है। यह वह जगह है जहां आप अतिरिक्त jQueryUI घटकों के लिए अपने हैंडलर या चयनकर्ताओं को जोड़ेंगे।