जेनकींस स्टैंडअलोन के रूप में नहीं चल रहा है तो कई लोगों ने सर्वलेट कंटेनर को फिर से शुरू करने की आवश्यकता का उल्लेख किया है। लेकिन टॉमकैट (या जो उपयोग किया जा रहा है) को फिर से शुरू करने की आवश्यकता नहीं है। यदि आपके जेनकीन्स को फिर से शुरू किया जाता है तो टॉमकैट जेनकिन्स संदर्भ को फिर से शुरू करने के लिए मजबूर कर सकता है।
लेकिन एक अन्य टिप्पणी को संबोधित करने के लिए, जब आप जेनकिन्स को "शट डाउन" मोड में रखते हैं तो यह वास्तव में बंद नहीं होगा। यह नई नौकरियों को क्रियान्वित करने से रोकता है और सिस्टम पृष्ठों पर एक विशाल लाल बैनर लगाता है ताकि हर कोई जानता हो कि व्यवस्थापक इसे अंततः नीचे ले जाना चाहता है। सभी बिल्ड पूर्ण होने के बाद उस संदर्भ के लिए सर्वलेट कंटेनर पुनरारंभ करने के लिए प्लगइन्स हैं।
विकल्प यह है कि अंतिम चलने वाली नौकरी पूरी होने तक प्रतीक्षा करें, फिर मैन्युअल रूप से कंटेनर से जेनकिंस पर किक करें (या कमांड लाइन विकल्पों के माध्यम से जो दूसरों ने स्टैंडअलोन जेनकिंस इंस्टॉल के लिए उल्लेख किया है)।