मैं अभी भी एक शुरुआत के लिए तैयार हूं, और यह सिर्फ एक बेवकूफ गलती थी जिसे मैंने किया था, एक वाक्य में लंबी कहानी। मैं एक सबफ़ोल्डर में नहीं था जैसा कि @gaoagong ने रिपोर्ट किया था, लेकिन दूसरा तरीका एक पैरेंट फ़ोल्डर में था। अजीब बात है, मुझे उस उत्तर से विचार नहीं मिला, इसके बजाय, विचार आया जब मैंने परीक्षण किया git add --all, नीचे दी गई लंबी कहानी देखें।
विवरण में उदाहरण।
वास्तविक रेपो:

मूल फ़ोल्डर जिसे मैंने गलती से मूल स्तर पर खोला था (मेरे मामले में vscode_git):

मैंने एक रेपो क्लोन किया था, लेकिन मेरे पास इस रेपो के ऊपर एक पैरेंट फोल्डर था, जिसे मैंने इसके बजाय खोला था, और फिर मैंने सबफ़ोल्डर के रेपो की एक फ़ाइल को जोड़ने की कोशिश की git add 'd:\Stack Overflow\vscode_git\vscode-java\.github\ISSUE_TEMPLATE.md', जिसमें बस कुछ नहीं था, कोई चेतावनी संदेश नहीं था, और git statusबाद में कहा:
जोड़ने के लिए कुछ भी नहीं है लेकिन मौजूद फ़ाइलों को ट्रैक करने के लिए "git ऐड" का उपयोग करें

रनिंग git add --allने मुझे पीले नोट दिए:
चेतावनी: एम्बेडेड git रिपॉजिटरी जोड़ना: vscode-java एंबेडेड रिपॉजिटरी और यह नहीं पता होगा कि इसे कैसे प्राप्त किया जाए।
संकेत: यदि आप एक सबमॉड्यूल जोड़ना चाहते हैं, तो उपयोग करें: git सबमॉड्यूल vscode-java जोड़ें
संकेत: यदि आपने गलती से इस पथ को जोड़ दिया है, तो आप इसे git rm --cached vscode-java के साथ सूचकांक से निकाल सकते हैं
अधिक जानकारी के लिए "git help submodule" देखें

इसे ठीक करने के लिए, मैं इसके git add --allसाथ वापस आया git rm --cached -r -f -- "d:\Stack Overflow\vscode_git\vscode-java" rm 'vscode-java':

फिर, केवल वास्तविक रेपो फोल्डर को खोलने के बजाय,

गिट ने फिर से उम्मीद के मुताबिक काम किया। बेशक मूल फ़ोल्डर के ".गित" फ़ोल्डर को हटाया जा सकता है:
