एक विचार हाइड्रोजन की तुलना में हाइड्रोकार्बन ईंधन की सापेक्ष घनत्व है। यदि हम मानते हैं कि ईंधन दहन कक्ष में पूरी तरह से वाष्पीकृत हो जाता है तो ईंधन का द्रव्यमान मात्रा, तापमान और दबाव पर निर्भर करता है। प्रति किलो ऊर्जा घनत्व आवश्यक रूप से आपको इस बारे में ज्यादा नहीं बताता है कि आप एक चार्ज में कितने ईंधन के अणु प्राप्त कर सकते हैं या वास्तव में प्रति अणु में रासायनिक ऊर्जा उपलब्ध है।
हाइड्रोजन के दहन गुणों से संबंधित आईसी इंजनों में भी समस्याएं हैं। एक विशेष समस्या यह है कि हाइड्रोजन हवा / ईंधन अनुपात की एक विस्तृत श्रृंखला में विस्फोट करेगी जो इग्निशन टाइमिंग और कम्प्रेशन अनुपात के लिए प्रभाव पर दस्तक देती है जो बदले में प्रभावित करती है कि दहन से उपलब्ध रासायनिक ऊर्जा कितनी उपयोगी यांत्रिक शक्ति में परिवर्तित हो सकती है। संपीड़न के तहत समयपूर्व विस्फोट (विशेष रूप से गर्म सिलेंडरों में) हाइड्रोजन के साथ एक विशेष समस्या है।
हाइड्रोजन अक्सर कम संपीड़न अनुपात वाले इंजनों से जुड़ा होता है जैसे वेन्केल (और अन्य रोटरी) इंजन बिल्कुल इसी कारण से।
हाइड्रोजन भी अन्य ईंधन गैसों की तुलना में गर्म जलता है, इसलिए भी जब समग्र ऊर्जा तुलनीय है हाइड्रोजन इंजन दहन कक्ष में स्थानीयकृत गर्म स्थानों का उत्पादन कर सकते हैं।
गैसोलीन काफी छोटी श्रृंखला के हाइड्रोकार्बन का मिश्रण है, जिसे C8 से अनुमानित किया जा सकता है, लेकिन विभिन्न अणुओं के विशिष्ट मिश्रण का इसके दहन व्यवहार पर महत्वपूर्ण प्रभाव पड़ता है और सर्वश्रेष्ठ प्रदर्शन प्राप्त करने के लिए एक विशेष ईंधन निर्माण को समायोजित करने की काफी गुंजाइश होती है। यह हाइड्रोजन के साथ बहुत अधिक कठिन है।