कई USB बाह्य उपकरणों में फ्लैश-आधारित माइक्रोकंट्रोलर शामिल हैं। यद्यपि मास्क-रॉम-आधारित माइक्रोकंट्रोलर सस्ते होते हैं, एक फ्लैश-आधारित माइक्रोकंट्रोलर का उपयोग एक निर्माता को एक बोर्ड बनाने में सक्षम कर सकता है जो विभिन्न ओईएम उत्पादों में जा सकता है, जिनमें से प्रत्येक के नाम की रिपोर्ट है जिसके तहत इसे बेचा जाता है। कुछ परिधीयों में फर्मवेयर शामिल होता है जो उन्हें USB पोर्ट से पुन: संग्रहित करने की अनुमति देता है; उन्हें इस तरह से कॉन्फ़िगर किया जाना एक निर्माता को उसके उच्चतम-मात्रा वाले ग्राहक के लिए उपयुक्त तरीके से पूर्व-प्रोग्राम भागों की अनुमति देगा और अन्य रिवाजों की मांग पर उन्हें फिर से प्रोग्राम करेगा।
यदि एक माउस में एक फ्लैश माइक्रोकंट्रोलर शामिल होता है, तो दुर्भावनापूर्ण व्यक्ति के लिए यह संभव हो सकता है कि वह एक मैलवेयर-संक्रमण उपकरण के रूप में व्यवहार करने के लिए इसे फिर से शुरू कर दे। क्योंकि अधिकांश चूहों को विशेष रूप से बड़े माइक्रोकंट्रोलर का उपयोग करने की संभावना नहीं है, अगर माउस के रूप में प्रयोग करने योग्य होना आवश्यक है तो मैलवेयर के लिए कोई जगह नहीं हो सकती है। दूसरी ओर, कुछ मैलवेयर के लिए एक कमजोर माउस की पहचान करना और इसे इस तरह से रिप्रोग्राम करना संभव हो सकता है कि यह अब माउस के रूप में काम नहीं करेगा, लेकिन गैर-संक्रमित मशीन में प्लग होने पर बुराई के एजेंट के रूप में काम करेगा। [इस सिद्धांत पर कि जिसका माउस काम करना बंद कर देता है, वह दूसरे कंप्यूटर पर इसका परीक्षण कर सकता है]।
सामान्य तौर पर USB परिधीय को इस तरह से डिजाइन करना मुश्किल नहीं होगा कि एक बार फ़ाइनल फ़र्मवेयर लोड हो जाने के बाद इसे USB पोर्ट से पुनः लोड नहीं किया जा सके, लेकिन ऐसे उपकरणों को अलग करने का कोई सामान्य तरीका नहीं है जो कि उन उपकरणों से रिप्रोग्रामिंग से प्रतिरक्षा हो जो 'टी। डिस्प्ले और कुछ बटनों के साथ "स्मार्ट USB हब" डिजाइन करना भी संभव होगा, जब कोई डिवाइस प्लग इन किया जाता है, तो इंगित करें कि डिवाइस क्या होने का दावा कर रहा है, कंप्यूटर से डिवाइस को देखने से पहले पुष्टि के लिए पूछ रहा है, और डिवाइस के संचार को उन लोगों तक सीमित करना जो इसके प्रकार के लिए अनुमोदित थे, लेकिन मुझे नहीं पता कि क्या इस तरह के स्मार्ट-हब डिवाइस उपलब्ध हैं।