एक महामारीविद बनें!


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चुनौती

आपको एक सरल मॉडल बनाना होगा कि कैसे लोगों के समूह में बीमारी फैलती है।

नियम और आवश्यकताएँ

मॉडल को 1000 से 1000 2D सरणी होना चाहिए और प्रत्येक तत्व एक अलग व्यक्ति होगा।

उपयोगकर्ता को argv का उपयोग करके तीन चर का इनपुट करना चाहिए: ट्रांसमिशन की संभावना (किसी व्यक्ति को किसी अन्य व्यक्ति को कैसे संक्रमित करने की संभावना है), उत्परिवर्तन का मौका और सिमुलेशन कितने समय तक चलना चाहिए।

पहली अवधि ( t=0) में, चार लोगों को यादृच्छिक रूप से चुना जाना चाहिए और बीमारी से संक्रमित होना चाहिए।

बीमारी का व्यवहार निम्नलिखित नियमों द्वारा नियंत्रित होता है:

  • यह बीमारी केवल लंबवत और क्षैतिज रूप से आगे बढ़ सकती है, अगले दरवाजे पर जा सकती है।
  • संक्रमण प्रत्येक व्यक्ति में 3 अवधि तक रहता है। आप इम्युनोडेफिशिएंसी में कारक नहीं हो सकते।
  • एक व्यक्ति को तीन बार संक्रमित होने के बाद, वे प्रतिरक्षा हैं और फिर से संक्रमित नहीं हो सकते हैं।
  • यह रोग उत्परिवर्तन के अधीन है जो पहले से प्रतिरक्षित लोगों को इस नए उत्परिवर्तित रोग के प्रति संवेदनशील बनाता है। उत्परिवर्तित रोग में बिल्कुल समान लक्षण होते हैं और मूल रोग के समान नियमों का पालन करते हैं।
  • यदि एक उत्परिवर्तन होता है, तो संपूर्ण रोग नहीं बदलता है, बस संचरण पर विशेष रूप से 'पैकेट'।
  • एक बार जब कोई व्यक्ति एक वायरस से संक्रमित हो जाता है, तो वे तब तक फिर से संक्रमित नहीं हो सकते हैं जब तक कि वर्तमान संक्रमण गुजर नहीं जाता।
  • यदि कोई व्यक्ति संक्रमित है, तो वे अपने संक्रमण काल ​​की शुरुआत से लेकर उसके अंत तक संक्रामक होते हैं।
  • प्रतिरक्षा के कोई स्तर नहीं हैं - एक व्यक्ति या तो प्रतिरक्षा है या नहीं।
  • मेमोरी अधिभार को रोकने के लिए, अधिकतम 800 म्यूटेशन की सीमा है।

अवधि की निर्दिष्ट संख्या के अंत में, आपको परिणामों का उत्पादन करना चाहिए।

परिणाम 1000 x 1000 ग्रिड होना चाहिए जो दिखा रहा है कि कौन से लोग संक्रमित हैं और कौन से लोग नहीं हैं। यह एक पाठ फ़ाइल के रूप में आउटपुट हो सकता है, एक छवि फ़ाइल या चित्रमय आउटपुट के रूप में (जहां #FFFFFF एक स्वस्थ व्यक्ति है और # 40FF00 एक संक्रमित व्यक्ति है)।

कृपया अपने उत्तर में इसे चलाने के लिए भाषा का नाम और एक कमांड शामिल कर सकते हैं।

जीतना

मेरे कंप्यूटर पर चलने वाला सबसे तेज़ कोड जीत जाता है। इसका समय निम्नलिखित पायथन कोड के साथ मापा जाएगा:

import time, os
start = time.time()
os.system(command)
end = time.time()
print(end-start)

ध्यान दें कि इस स्क्रिप्ट को चलाते समय, मैं निम्नलिखित चूक का उपयोग करूंगा:

Probability of transmission = 1
Chance of mutation = 0.01
Number of periods = 1000

3
आप एक 10- गीगाबाइट फ़ाइल बनाना चाहते हैं ?
यपनिपन

1
4 जीबी सीमा होने से, आपने छवि फ़ाइल में आउटपुट को सहेजने का विकल्प पूरी तरह से हटा दिया है ...
ऑप्टिमाइज़र

10
1000x1000 : यह अधिक पसंद है!
सीओटीओ

1
यह भी कहें कि एक-दूसरे के बगल में दो लोग हैं। पहला कॉन्ट्रैक्ट वायरस V, दूसरा कॉन्ट्रैक्ट वायरस V'। संकुचन दोनों एक ही अवधि में समाप्त हो जाएंगे। क्या वायरस Vदूसरे व्यक्ति को संक्रमित कर सकता है ? (या एक और अधिक काला-सफेद सवाल: क्या यह संभव है कि कोई व्यक्ति ठीक होने के तुरंत बाद संक्रमित हो जाए, इसलिए वह संक्रमण के 6 लगातार अवधि के साथ समाप्त हो जाएगा?)
जस्टफुल

1
एक और एक, दो स्वतंत्र वायरस एक ही वायरस को उत्परिवर्तित कर सकते हैं? कहो कि हम Vव्यक्ति में हैं A, और Vफिर से व्यक्ति में B। जब वे वायरस को संचारित करते हैं, तो क्या वे दोनों एक ही उत्परिवर्तन को बदल सकते हैं V'? या शायद वे वास्तव में एक ही वायरस के तनाव को बदलना चाहिए ? यदि वे मनमाने ढंग से उत्परिवर्तन कर सकते हैं, तो दो विषाणुओं के एक ही विषाणु के तनाव में परिवर्तन की संभावना क्या है?
जस्टफुल 3'14

जवाबों:


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मैं उत्सुक था कि यह कैसा लगेगा, इसलिए मैंने जावास्क्रिप्ट में यह त्वरित और गंदा हैक बनाया: http://jsfiddle.net/andrewmaxwell/r8m54t9c/

// The probability that a healthy cell will be infected by an adjacent infected cell EACH FRAME.
var infectionProbability = 0.2

// The probability that the infection will mutate on transmission EACH FRAME.
var mutationProbability = 0.00001

// The maximum number of times a cell can be infected by the same infection.
var maxInfections = 3

// The number of frames a cell in infected before it becomes healthy again.
var infectionDuration = 3

// The width and heigh of the board
var size = 400

// The number of cells infected at the beginning.
var startingNum = 4

var imageData, // the visual representation of the board
    cells, // array of cells
    infectionCount // counter that is incremented whenever a mutation occurs

// Just some colors. The colors are re-used as the number of mutations increases.
var colors = [[255,0,0],[255,255,0],[0,255,0],[0,255,255],[0,0,255],[255,0,255],[128,0,0],[128,128,0],[0,128,0],[0,128,128],[0,0,128],[128,0,128],[255,128,128],[255,255,128],[128,255,128],[128,255,255],[128,128,255],[255,128,255]
]

// when a cell is infected, it isn't contagious until the next frame
function infect(person, infection){
    person.infect = true
    person.infectionCounts[infection] = (person.infectionCounts[infection] || 0) + 1
    person.currentInfection = infection
}

// when a mutation occurs, it is given a number and the counter is incremented
function mutation(){
    return infectionCount++
}

function reset(){

    cells = []
    infectionCount = 0
    imageData = T.createImageData(size, size)

    // initialize the cells, store them in a grid temporarily and an array for use in each frame
    var grid = []
    for (var i = 0; i < size; i++){
        grid[i] = []
        for (var j = 0; j < size; j++){
            cells.push(grid[i][j] = {
                infectionTime: 0, // how many frames until they are no longer infected, so 0 is healthy
                infectionCounts: [], // this stores how many times the cell has been infected by each mutation
                neighbors: [] // the neighboring cells
            })
        }
    }

    // store the neighbors of each cell, I just want to minimize the work done each frame
    var neighborCoords = [[0,-1],[1,0],[0,1],[-1,0]]
    for (var i = 0; i < size; i++){
        for (var j = 0; j < size; j++){
            for (var n = 0; n < neighborCoords.length; n++){
                var row = i + neighborCoords[n][0]
                var col = j + neighborCoords[n][1]
                if (grid[row] && grid[row][col]){
                    grid[i][j].neighbors.push(grid[row][col])
                }
            }
        }
    }

    // infect the initial cells
    for (var i = 0; i < startingNum; i++){
        infect(cells[Math.floor(cells.length * Math.random())], 0)
    }
}

function loop(){
    requestAnimationFrame(loop)

    // for each cell marked as infected, set its infectionTime
    for (var i = 0; i < cells.length; i++){
        var p = cells[i]
        if (p.infect){
            p.infect = false
            p.infectionTime = infectionDuration
        }
    }

    for (var i = 0; i < cells.length; i++){
        var p = cells[i]

        // for each infected cell, decrement its timer
        if (p.infectionTime){
            p.infectionTime--

            // for each neighbor that isn't infected, if the probability is right and the neighbor isn't immune to that infection, infect it
            for (var n = 0; n < p.neighbors.length; n++){
                var neighbor = p.neighbors[n]
                if (!neighbor.infectionTime && Math.random() < infectionProbability){
                    var infection = Math.random() < mutationProbability ? mutation() : p.currentInfection
                    if (!neighbor.infectionCounts[infection] || neighbor.infectionCounts[infection] < maxInfections){
                        infect(neighbor, infection)
                    }
                }
            }

            // colors! yay!
            var color = colors[p.currentInfection % colors.length]
            imageData.data[4 * i + 0] = color[0]
            imageData.data[4 * i + 1] = color[1]
            imageData.data[4 * i + 2] = color[2]
        } else {
            imageData.data[4 * i + 0] = imageData.data[4 * i + 1] = imageData.data[4 * i + 2] = 0
        }

        imageData.data[4 * i + 3] = 255
    }

    T.putImageData(imageData, 0, 0)
}

// init canvas and go
C.width = C.height = size
T = C.getContext('2d')
reset()
loop()

1
संक्रमण की स्थापना 1 में से कुछ मैंने देखा है सबसे मधुर पैटर्न बनाया है!
विलियम बारबोसा

क्या आप जोड़ सकते हैं कि आपका कार्यक्रम आपके उत्तर में कितना समय लेता है?
बीटा डेके

7

C ++ 11, 6-8 मिनट

मेरा परीक्षण रन मेरे फेडोरा 19, i5 मशीन में लगभग 6-8 मिनट लगते हैं। लेकिन उत्परिवर्तन की यादृच्छिकता के कारण, यह तेज हो सकता है या इससे अधिक समय ले सकता है। मुझे लगता है कि स्कोरिंग मानदंड को पढ़े जाने की जरूरत है।

पूरा होने के अंत में पाठ के रूप में परिणाम को प्रिंट करता है, स्वस्थ व्यक्ति को डॉट ( .), संक्रमित व्यक्ति द्वारा तारांकन चिह्न ( *) द्वारा चिह्नित किया जाता है , जब तक कि ANIMATEझंडा सही पर सेट नहीं होता है, इस स्थिति में यह विभिन्न वायरस तनाव से संक्रमित लोगों के लिए अलग-अलग वर्ण प्रदर्शित करेगा।

यहाँ 10x10, 200 अवधियों के लिए एक GIF है।

10x10Gif

उत्परिवर्तन का व्यवहार

प्रत्येक म्यूटेशन को पहले कभी नहीं देखा गया नया तनाव देगा (इसलिए यह संभव है कि एक व्यक्ति चार अलग-अलग उपभेदों के साथ चार पड़ोसी लोगों को संक्रमित करता है), जब तक कि 800 उपभेदों को उत्पन्न नहीं किया गया हो, उस स्थिति में कोई भी वायरस आगे उत्परिवर्तन नहीं करेगा।

8 मिनट का परिणाम निम्न संक्रमित लोगों की संख्या से आता है:

अवधि 0, संक्रमित: 4
अवधि 100, संक्रमित: 53743
अवधि 200, संक्रमित: 134451
अवधि 300, संक्रमित: 173369
अवधि 400, संक्रमित: 228176
अवधि 500, संक्रमित: 261473
अवधि 600, संक्रमित: 276086
अवधि 700, संक्रमित: 265774
अवधि 800, संक्रमित: 236828
अवधि 900, संक्रमित: 221275

जबकि 6 मिनट का परिणाम निम्नलिखित से आता है:

अवधि 0, संक्रमित: 4
अवधि 100, संक्रमित: 53627
अवधि 200, संक्रमित: 129033
अवधि 300, संक्रमित: 186127
अवधि 400, संक्रमित: 213633
अवधि 500, संक्रमित: 193702
अवधि 600, संक्रमित: 173995
अवधि 700, संक्रमित: 157966
अवधि 800, संक्रमित: 138281
अवधि 900, संक्रमित: 129381

व्यक्ति का प्रतिनिधित्व

प्रत्येक व्यक्ति 205 बाइट्स में प्रतिनिधित्व करता है। वायरस को स्टोर करने के लिए चार बाइट्स यह व्यक्ति अनुबंध कर रहा है, एक बाइट स्टोर करने के लिए कि यह व्यक्ति कितने समय से संक्रमित है, और 200 बाइट्स स्टोर करने के लिए कितनी बार उसने वायरस के प्रत्येक स्ट्रेन (2 बिट प्रत्येक) को अनुबंधित किया है। शायद सी ++ द्वारा कुछ अतिरिक्त बाइट-संरेखण किया गया है, लेकिन कुल आकार लगभग 200 एमबी होगा। मेरे पास अगले चरण को संग्रहीत करने के लिए दो ग्रिड हैं, इसलिए कुल मिलाकर यह लगभग 400 एमबी का उपयोग करता है।

मैं संक्रमित लोगों के स्थान को एक कतार में रखता हूं, जो कि शुरुआती अवधियों में आवश्यक समय को काटने के लिए है (जो कि अवधि <400 तक उपयोगी है)।

कार्यक्रम की तकनीकी

हर 100 कदम पर यह कार्यक्रम संक्रमित लोगों की संख्या को प्रिंट करेगा, जब तक कि ANIMATEझंडा सेट नहीं हो जाता है true, इस स्थिति में यह हर 100ms में पूरे ग्रिड को प्रिंट करेगा।

इसके लिए C ++ 11 पुस्तकालयों ( -std=c++11ध्वज का उपयोग कर संकलन , या मैक के साथ clang++ -std=c++11 -stdlib=libc++ virus_spread.cpp -o virus_spread) की आवश्यकता होती है।

डिफ़ॉल्ट मानों के लिए या इस तरह के तर्कों के बिना इसे चलाएं:

./virus_spread 1 0.01 1000

#include <cstdio>
#include <cstring>
#include <random>
#include <cstdlib>
#include <utility>
#include <iostream>
#include <deque>
#include <cmath>
#include <functional>
#include <unistd.h>

typedef std::pair<int, int> pair;
typedef std::deque<pair> queue;

const bool ANIMATE = false;
const int MY_RAND_MAX = 999999;

std::default_random_engine generator(time(0));
std::uniform_int_distribution<int> distInt(0, MY_RAND_MAX);
auto randint = std::bind(distInt, generator);
std::uniform_real_distribution<double> distReal(0, 1);
auto randreal = std::bind(distReal, generator);

const int VIRUS_TYPE_COUNT = 800;
const int SIZE = 1000;
const int VIRUS_START_COUNT = 4;

typedef struct Person{
    int virusType;
    char time;
    uint32_t immune[VIRUS_TYPE_COUNT/16];
} Person;

Person people[SIZE][SIZE];
Person tmp[SIZE][SIZE];
queue infecteds;

double transmissionProb = 1.0;
double mutationProb = 0.01;
int periods = 1000;

char inline getTime(Person person){
    return person.time;
}

char inline getTime(int row, int col){
    return getTime(people[row][col]);
}

Person inline setTime(Person person, char time){
    person.time = time;
    return person;
}

Person inline addImmune(Person person, uint32_t type){
    person.immune[type/16] += 1 << (2*(type % 16));
    return person;
}

bool inline infected(Person person){
    return getTime(person) > 0;
}

bool inline infected(int row, int col){
    return infected(tmp[row][col]);
}

bool inline immune(Person person, uint32_t type){
    return (person.immune[type/16] >> (2*(type % 16)) & 3) == 3;
}

bool inline immune(int row, int col, uint32_t type){
    return immune(people[row][col], type);
}

Person inline infect(Person person, uint32_t type){
    person.time = 1;
    person.virusType = type;
    return person;
}

bool inline infect(int row, int col, uint32_t type){
    auto person = people[row][col];
    auto tmpPerson = tmp[row][col];
    if(infected(tmpPerson) || immune(tmpPerson, type) || infected(person) || immune(person, type)) return false;
    person = infect(person, type);
    infecteds.push_back(std::make_pair(row, col));
    tmp[row][col] = person;
    return true;
}

uint32_t inline getType(Person person){
    return person.virusType;
}

uint32_t inline getType(int row, int col){
    return getType(people[row][col]);
}

void print(){
    for(int row=0; row < SIZE; row++){
        for(int col=0; col < SIZE; col++){
            printf("%c", infected(row, col) ? (ANIMATE ? getType(row, col)+48 : '*') : '.');
        }
        printf("\n");
    }
}

void move(){
    for(int row=0; row<SIZE; ++row){
        for(int col=0; col<SIZE; ++col){
            people[row][col] = tmp[row][col];
        }
    }
}

int main(const int argc, const char **argv){
    if(argc > 3){
        transmissionProb = std::stod(argv[1]);
        mutationProb = std::stod(argv[2]);
        periods = atoi(argv[3]);
    }
    int row, col, size;
    uint32_t type, newType=0;
    char time;
    Person person;
    memset(people, 0, sizeof(people));
    for(int row=0; row<SIZE; ++row){
        for(int col=0; col<SIZE; ++col){
            people[row][col] = {};
        }
    }
    for(int i=0; i<VIRUS_START_COUNT; i++){
        row = randint() % SIZE;
        col = randint() % SIZE;
        if(!infected(row, col)){
            infect(row, col, 0);
        } else {
            i--;
        }
    }
    move();
    if(ANIMATE){
        print();
    }
    for(int period=0; period < periods; ++period){
        size = infecteds.size();
        for(int i=0; i<size; ++i){
            pair it = infecteds.front();
            infecteds.pop_front();
            row = it.first;
            col = it.second;
            person = people[row][col];
            time = getTime(person);
            if(time == 0) continue;
            type = getType(person);
            if(row > 0 && randreal() < transmissionProb){
                if(newType < VIRUS_TYPE_COUNT-1 && randreal() < mutationProb){
                    newType++;
                    if(!infect(row-1, col, newType)) newType--;
                } else {
                    infect(row-1, col, type);
                }
            }
            if(row < SIZE-1 && randreal() < transmissionProb){
                if(newType < VIRUS_TYPE_COUNT-1 && randreal() < mutationProb){
                    newType++;
                    if(!infect(row+1, col, newType)) newType--;
                } else {
                    infect(row+1, col, type);
                }
            }
            if(col > 0 && randreal() < transmissionProb){
                if(newType < VIRUS_TYPE_COUNT-1 && randreal() < mutationProb){
                    newType++;
                    if(!infect(row, col-1, newType)) newType--;
                } else {
                    infect(row, col-1, type);
                }
            }
            if(col < SIZE-1 && randreal() < transmissionProb){
                if(newType < VIRUS_TYPE_COUNT-1 && randreal() < mutationProb){
                    newType++;
                    if(!infect(row, col+1, newType)) newType--;
                } else {
                    infect(row, col+1, type);
                }
            }
            time += 1;
            if(time == 4) time = 0;
            person = setTime(person, time);
            if(time == 0){
                person = addImmune(person, type);
            } else {
                infecteds.push_back(std::make_pair(row, col));
            }
            tmp[row][col] = person;
        }
        if(!ANIMATE && period % 100 == 0) printf("Period %d, Size: %d\n", period, size);
        move();
        if(ANIMATE){
            printf("\n");
            print();
            usleep(100000);
        }
    }
    if(!ANIMATE){
        print();
    }
    return 0;
}

मुझे वास्तव में पसंद है! मेरा एकमात्र सवाल यह है कि आप GIF कैसे बनाते हैं?
बीटा डेके

1
मैं इस टूल का उपयोग कर रहा हूं: linux.die.net/man/1/byzanz-record । वर्तमान में इसमें GUI नहीं है, इसलिए आपको
जस्टफुल

ओह, यह अच्छा है, धन्यवाद! :)
बीटा डेके

3

सी # 6-7 मिनट

संपादित करें २

मैंने अंत में (5 घंटे) 1000x1000 के करीब 1000 पीरियड (केवल 840 फ्रेम तो दुर्घटनाग्रस्त हो गए) के लिए एक वर्बोज़ आउटपुट तैयार किया है, हालांकि हर 1 पीरियड, 160MB के करीब है और मेरे सिस्टम पर सभी मेमोरी प्रदर्शित करने की आवश्यकता है (इरफानव्यू) , यह भी सुनिश्चित नहीं है कि एक ब्राउज़र में काम करेगा, मैं इसे बाद में रखूंगा।

संपादित करें

मैंने इसे "बीटा डेके" के उत्तर देने में समय बिताने के लिए आवंटित किया है, जिसमें कहा गया है कि "बेतरतीब ढंग से तनाव चुनें" मेरे पास चॉइसिन है केवल यह चुनने के लिए यादृच्छिक तरीका है कि प्रति अवधि कौन संक्रमित करता है, हालांकि मैंने जिस तरह से गणना की है, उसे बदल दिया है और हर बात को पिरोया, मैंने अपने पोस्ट को नए विवरण के साथ अपडेट किया है।

मेरे द्वारा मेरे निकटतम अनुमान को कोडित किया गया, मुझे आशा है कि यह सभी नियमों का पालन करता है, यह मेरे सिस्टम पर लगभग 1.2 मिलियन मेमोरी का उपयोग करता है। कार्यक्रम एनिमेटेड gifs (अच्छा लग रहा है, वास्तव में धीमी गति से) या सिर्फ एक छवि मिलान "बीटा डेके" चश्मा उत्पादन कर सकते हैं। यह पहिया को फिर से मजबूत करने का एक छोटा सा है, लेकिन निश्चित रूप से अच्छा लग रहा है:


परिणाम

(नोट: यह केवल संक्रमित और गैर-संक्रमित अर्थात गैर-क्रियात्मक के बीच अंतर करता है)

1000 अवधि, 1% उत्परिवर्तन दर, 100% प्रसार:

परिणाम

उदाहरण (शब्द)

वैसे भी नॉन-वर्बोस मोड में 100% "ट्रांसमिशन की संभावना" का उपयोग करना उबाऊ है क्योंकि आपको हमेशा एक ही आकार मिलता है और आप अलग-अलग म्यूटेशन नहीं देख सकते हैं, यदि आप मापदंडों को थोड़ा-सा घुमाते हैं (और वर्बोज़ मोड को सक्षम करते हैं) आपको कुछ अच्छे दिखने वाले आउटपुट मिलते हैं (एनिमेटेड GIF हर 10 वें फ्रेम को प्रदर्शित करते हैं):

रैंडम - ग्रिड का आकार: 200, प्रोबेशन ट्रांसमिशन: 100%, प्रोब्यूटेशन: 1%

100Precent

रैंडम - ग्रिड का आकार: 200, संभाव्यता: 20%, प्रोब्यूटेशन: 1%

20Precent

स्कोरिंग

मैं "जस्टफुल" से सहमत हूं कि स्कोरिंग मानदंड उचित नहीं हो सकता क्योंकि हर रन म्यूटेशन की यादृच्छिकता और यादृच्छिक शुरुआत बिंदुओं की स्थिति के कारण अलग होगा। शायद हम कई रन या ऐसा कुछ कर सकते हैं ..., वैसे भी यह मेरे लिए C # इतना इनाम है: वैसे भी।

कोड

MagickImage लाइब्रेरी (x64 बिट संकलित करने के लिए सेट) को शामिल करना सुनिश्चित करें अन्यथा यह नहीं बनेगा ( http://pastebin.com/vEmPF1PM ):

using System;
using System.Collections.Generic;
using System.Linq;
using System.Text;
using System.Threading.Tasks;
using System.Drawing;
using System.Drawing.Imaging;
using ImageMagick;
using System.IO;

namespace Infection
{
    class Program
    {
        #region Infection Options
        private const double ProbabilityOfTransmission = .2;
        private const double ChanceOfMutation = 0.01;
        private const Int16 StageSize = 1000;
        private const Int16 MaxNumberOfMutations = 800;
        private const byte MaxInfectionTime = 3;
        private const byte NumberOfPeopleToRandomlyInfect = 4;
        private static int NumberOfPeriods = 1000;
        #endregion Infection Options

        #region Run Options
        private const bool VerbosMode = false;        
        private const int ImageFrequency = 10;
        #endregion Run Options

        #region Stage        
        private static Int16 MutationNumber = 1;

        private class Person
        {
            public Person()
            {
                PreviousInfections = new Dictionary<Int16, byte>();
                InfectionTime = 0;
                CurrentInfection = 0;
                PossibleNewInfections = new List<short>(4);
            }
            public Dictionary<Int16, byte> PreviousInfections { get; set; }
            public byte InfectionTime { get; set; }
            public Int16 CurrentInfection { get; set; }
            public List<Int16> PossibleNewInfections { get; set; }
        }
        private static Person[][] Stage = new Person[StageSize][];
        #endregion Stage

        static void Main(string[] args)
        {
            DateTime start = DateTime.UtcNow;

            //Initialize stage
            for (Int16 i = 0; i < Stage.Length; i++)
            {
                var tmpList = new List<Person>();
                for (Int16 j = 0; j < Stage.Length; j++)
                    tmpList.Add(new Person());
                Stage[i] = tmpList.ToArray();
            }

            //Randomly infect people
            RandomlyInfectPeople(NumberOfPeopleToRandomlyInfect);

            //Run through the periods(NumberOfPeriods times)
            List<MagickImage> output = new List<MagickImage>();
            while (NumberOfPeriods > 0)
            {
                //Print details(verbose)                
                if (VerbosMode && NumberOfPeriods % ImageFrequency == 0)
                {
                    Console.WriteLine("Current Number: " + NumberOfPeriods);
                    Console.WriteLine("Current Mutation: " + MutationNumber);
                    output.Add(BoardToImage());
                }

                Period();
            }

            //Outputs a Animated Gif(verbose)
            if (VerbosMode)
            {
                ImagesToAnimatedGIF(output.ToArray(), Directory.GetCurrentDirectory() + "\\Output.gif");
                System.Diagnostics.Process.Start(Directory.GetCurrentDirectory() + "\\Output.gif");
            }
            //Only outputs the basic result image matching the specs
            SaveBoardToSimpleImage(Directory.GetCurrentDirectory() + "\\FinalState.gif");

            Console.WriteLine("Total run time in seconds: " + (DateTime.UtcNow - start).TotalSeconds);
            Console.WriteLine("Press enter to exit");
            Console.ReadLine();
        }

        #region Image
        private static void SaveBoardToSimpleImage(string filepath)
        {
            using (Bitmap img = new Bitmap(StageSize, StageSize))
            {
                for (int i = 0; i < img.Width; i++)
                    for (int j = 0; j < img.Height; j++)
                        img.SetPixel(i, j, Stage[i][j].CurrentInfection == 0 ? Color.FromArgb(255, 255, 255) :
                            Color.FromArgb(64, 255, 0));
                img.Save(filepath, ImageFormat.Gif);
            }
        }
        private static MagickImage BoardToImage()
        {
            using (Bitmap img = new Bitmap(StageSize, StageSize))
            {
                for (int i = 0; i < img.Width; i++)
                    for (int j = 0; j < img.Height; j++)
                        img.SetPixel(i, j, Stage[i][j].CurrentInfection == 0 ? Color.White :
                            Color.FromArgb(Stage[i][j].CurrentInfection % 255,
                            Math.Abs(Stage[i][j].CurrentInfection - 255) % 255,
                            Math.Abs(Stage[i][j].CurrentInfection - 510) % 255));
                return new MagickImage(img);
            }
        }
        private static void ImagesToAnimatedGIF(MagickImage[] images, string filepath)
        {
            using (MagickImageCollection collection = new MagickImageCollection())
            {
                foreach (var image in images)
                {
                    collection.Add(image);
                    collection.Last().AnimationDelay = 20;
                }
                collection.Write(filepath);
            }
        }
        #endregion Image

        #region Infection
        private static void Period()
        {
            Infect();
            ChooseRandomInfections();
            IncrementDiseaseProgress();
            Cure();

            NumberOfPeriods--;
        }
        private static void Cure()
        {
            Parallel.For(0, Stage.Length, i =>
            {
                for (Int16 j = 0; j < Stage.Length; j++)
                    if (Stage[i][j].CurrentInfection != 0 && Stage[i][j].InfectionTime == MaxInfectionTime + 1)
                    {
                        //Add disease to already infected list
                        if (Stage[i][j].PreviousInfections.ContainsKey(Stage[i][j].CurrentInfection))
                            Stage[i][j].PreviousInfections[Stage[i][j].CurrentInfection]++;
                        else
                            Stage[i][j].PreviousInfections.Add(Stage[i][j].CurrentInfection, 1);

                        //Cure
                        Stage[i][j].InfectionTime = 0;
                        Stage[i][j].CurrentInfection = 0;
                    }
            });
        }
        private static void IncrementDiseaseProgress()
        {
            Parallel.For(0, Stage.Length, i =>
            {
                for (Int16 j = 0; j < Stage.Length; j++)
                    if (Stage[i][j].CurrentInfection != 0)
                        Stage[i][j].InfectionTime++;
            });
        }
        private static void RandomlyInfectPeople(Int16 numberOfPeopleToInfect)
        {
            var randomList = new List<int>();
            while (randomList.Count() < numberOfPeopleToInfect * 2)
            {
                randomList.Add(RandomGen2.Next(StageSize));
                randomList = randomList.Distinct().ToList();
            }
            while (randomList.Count() > 0)
            {
                Stage[randomList.Last()][randomList[randomList.Count() - 2]].CurrentInfection = MutationNumber;
                Stage[randomList.Last()][randomList[randomList.Count() - 2]].InfectionTime = 1;
                randomList.RemoveAt(randomList.Count() - 2);
                randomList.RemoveAt(randomList.Count() - 1);
            }
        }
        private static void Infect()
        {
            Parallel.For(0, Stage.Length, i =>
            {
                for (Int16 j = 0; j < Stage.Length; j++)
                    InfectAllSpacesAround((short)i, j);
            });
        }
        private static void InfectAllSpacesAround(Int16 x, Int16 y)
        {
            //If not infected or just infected this turn return
            if (Stage[x][y].CurrentInfection == 0 || (Stage[x][y].CurrentInfection != 0 && Stage[x][y].InfectionTime == 0)) return;

            //Infect all four directions(if possible)
            if (x > 0)
                InfectOneSpace(Stage[x][y].CurrentInfection, (short)(x - 1), y);

            if (x < Stage.Length - 1)
                InfectOneSpace(Stage[x][y].CurrentInfection, (short)(x + 1), y);

            if (y > 0)
                InfectOneSpace(Stage[x][y].CurrentInfection, x, (short)(y - 1));

            if (y < Stage.Length - 1)
                InfectOneSpace(Stage[x][y].CurrentInfection, x, (short)(y + 1));
        }
        private static void InfectOneSpace(Int16 currentInfection, Int16 x, Int16 y)
        {
            //If the person is infected, or If they've already been infected "MaxInfectionTime" then don't infect
            if (Stage[x][y].CurrentInfection != 0 || (Stage[x][y].PreviousInfections.ContainsKey(currentInfection) &&
                    Stage[x][y].PreviousInfections[currentInfection] >= MaxInfectionTime)) return;

            //If random is larger than change of transmission don't transmite disease
            if (RandomGen2.Next(100) + 1 > ProbabilityOfTransmission * 100) return;

            //Possible mutate
            if (MutationNumber <= MaxNumberOfMutations && RandomGen2.Next(100) + 1 <= ChanceOfMutation * 100)
                lock (Stage[x][y])
                {
                    MutationNumber++;
                    Stage[x][y].PossibleNewInfections.Add(MutationNumber);
                }
            //Regular infection
            else
                lock (Stage[x][y])
                    Stage[x][y].PossibleNewInfections.Add(currentInfection);

        }
        private static void ChooseRandomInfections()
        {
            Parallel.For(0, Stage.Length, i =>
            {
                for (Int16 j = 0; j < Stage.Length; j++)
                {
                    if (Stage[i][j].CurrentInfection != 0 || !Stage[i][j].PossibleNewInfections.Any()) continue;
                    Stage[i][j].CurrentInfection = Stage[i][j].PossibleNewInfections[RandomGen2.Next(Stage[i][j].PossibleNewInfections.Count)];
                    Stage[i][j].PossibleNewInfections.Clear();
                    Stage[i][j].InfectionTime = 0;
                }
            }
            );
        }
        #endregion Infection
    }

    //Fancy Schmancy new random number generator for threaded stuff, fun times
    //http://blogs.msdn.com/b/pfxteam/archive/2009/02/19/9434171.aspx
    public static class RandomGen2
    {
        private static Random _global = new Random();
        [ThreadStatic]
        private static Random _local;

        public static int Next()
        {
            Random inst = _local;
            if (inst == null)
            {
                int seed;
                lock (_global) seed = _global.Next();
                _local = inst = new Random(seed);
            }
            return inst.Next();
        }

        public static int Next(int input)
        {
            Random inst = _local;
            if (inst == null)
            {
                int seed;
                lock (_global) seed = _global.Next();
                _local = inst = new Random(seed);
            }
            return inst.Next(input);
        }
    }
}
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