डीएनए: डीऑक्सीराइबोन्यूक्लिक एएससीआईआई

22

बेस एडेनिन, साइटोसिन, गुआनाइन और थाइमिन (जैसा कि इनकोडिंग ACGT) के एक अनुक्रम को देखते हुए , आप डीएनए के संगत डबल स्ट्रैंड के एएससीआईआई कला प्रतिनिधित्व का उत्पादन करने के लिए हैं।

स्ट्रैंड का विस्तार लंबवत होगा। बाएं हाथ की स्ट्रैंड वह है जिसे आपको इनपुट के रूप में दिया गया है। दाएं हाथ का किनारा इसका पूरक होगा। जो डीएनए से परिचित नहीं हैं, Aउनके साथ जोड़ा जाता है Tऔर Cउनके साथ जोड़ा जाता है G। इसके अलावा, डबल स्ट्रैंड के दोनों ओर बैकबोन संरचना है जो सभी आधारों के लिए समान है। इसलिए यदि आपको इनपुट दिया गया TAGCATतो ASCII कला की बड़े पैमाने पर संरचना होगी:

BTAB
BATB
BGCB
BCGB
BATB
BTAB

जहां Bरीढ़ का प्रतिनिधित्व करता है। अब इनमें से प्रत्येक अक्षर पूरे अणु के लिए खड़ा है और आप वास्तविक आणविक संरचना का पुनरुत्पादन कर रहे हैं ।

द बेस

प्रत्येक बेस के लिए निम्नलिखित टेम्प्लेट 1 का उपयोग करें (प्रत्येक को इसके पूरक बेस और दो बैकबोन अणुओं के साथ प्रदर्शित किया जाता है):

1 ASCII लेआउट के साथ मदद करने के लिए पीटर टेलर को श्रेय।

एडीनाइन

 O    O
  \\ /
    P
   / \
--O   O
     /                                         |
    <            N      NH2 ..... O      *     |
     \         // \    /           \\   /      |
      +--O    //   ----             ----       |
      |   \   |   //  \\           /   \\      |
      |    >--N--<      N ...... HN      >  ---+
      |   /       \    /           \    /  /   |
      +---         N===             ---N--<    |
      |                            //      \   |
      |                           O         O--+
      |                                         \
      |                                          >
      |                                         /
                                               O   O--
                                                \ /
                                                 P
                                                / \\
                                               O    O

साइटोसिन

 O    O
  \\ /
    P
   / \
--O   O            NH2 ..... O      N
     /            /           \\   / \\        |
    <         ----             ----   \\    ---+
     \       //  \\           /   \\   |   /   |
      +--O  <      N ...... HN      >--N--<    |
      |   \  \    /           \    /       \   |
      |    >--N---             ===N         O--+
      |   /      \\           /                 \
      +---         O ..... H2N                   >
      |                                         /
                                               O   O--
                                                \ /
                                                 P
                                                / \\
                                               O    O

गुआनिन

 O    O
  \\ /
    P
   / \
--O   O
     /                                         |
    <            N      O ..... H2N            |
     \         // \   //           \           |
      +--O    //   ----             ----       |
      |   \   |   //   \           //  \\      |
      |    >--N--<      NH ...... N      >  ---+
      |   /       \    /           \    /  /   |
      +---         N===             ---N--<    |
      |                \           //      \   |
      |                 NH2 ..... O         O--+
      |                                         \
      |                                          >
      |                                         /
                                               O   O--
                                                \ /
                                                 P
                                                / \\
                                               O    O

थाइमिन

 O    O
  \\ /
    P
   / \
--O   O     *      O ..... H2N      N
     /       \   //           \    / \\        |
    <         ----             ----   \\    ---+
     \       //   \           //  \\   |   /   |
      +--O  <      NH ...... N      >--N--<    |
      |   \  \    /           \    /       \   |
      |    >--N---             ===N         O--+
      |   /      \\                             \
      +---         O                             >
      |                                         /
                                               O   O--
                                                \ /
                                                 P
                                                / \\
                                               O    O

डबल स्ट्रैंड का निर्माण

ये लंबवत दोहराते हैं, जैसे कि रीढ़ की हड्डी की संरचना में कोई अंतराल नहीं है। इसका मतलब है कि इन चार टेम्पलेट्स के बाउंडिंग बॉक्स ओवरलैप होंगे।

सही रीढ़ की हड्डी के बाईं और शीर्ष अंत के नीचे अंत से कनेक्ट करेगा Oएक की OH।

मुक्त Oसही रीढ़ की हड्डी के लिए छोड़ दिया और नीचे अंत के शीर्ष अंत में एक नि: शुल्क बंधन जा रहा अंदर की ओर, ने संकेत दिया होगा --।

उदाहरण ATG

 O    O--
  \\ /
    P
   / \
--O   O                                        OH
     /                                         |
    <            N      NH2 ..... O      *     |
     \         // \    /           \\   /      |
      +--O    //   ----             ----       |
      |   \   |   //  \\           /   \\      |
      |    >--N--<      N ...... HN      >  ---+
      |   /       \    /           \    /  /   |
      +---         N===             ---N--<    |
      |                            //      \   |
      |                           O         O--+
      |                                         \
      |                                          >
      |                                         /
 O    O                                        O   O--
  \\ /                                          \ /
    P                                            P
   / \                                          / \\
--O   O     *      O ..... H2N      N          O    O
     /       \   //           \    / \\        |
    <         ----             ----   \\    ---+
     \       //   \           //  \\   |   /   |
      +--O  <      NH ...... N      >--N--<    |
      |   \  \    /           \    /       \   |
      |    >--N---             ===N         O--+
      |   /      \\                             \
      +---         O                             >
      |                                         /
 O    O                                        O   O--
  \\ /                                          \ /
    P                                            P
   / \                                          / \\
--O   O                                        O    O
     /                                         |
    <            N      O ..... H2N            |
     \         // \   //           \           |
      +--O    //   ----             ----       |
      |   \   |   //   \           //  \\      |
      |    >--N--<      NH ...... N      >  ---+
      |   /       \    /           \    /  /   |
      +---         N===             ---N--<    |
      |                \           //      \   |
      |                 NH2 ..... O         O--+
      |                                         \
      |                                          >
      |                                         /
      OH                                       O   O--
                                                \ /
                                                 P
                                                / \\
                                             --O    O

और ज्यादा उदाहरण:

यहां कई और उदाहरणों के एमडी 5 हैश हैं (बिना बाहरी अग्रणी या अनुगामी रिक्त स्थान के):

ATG      2e4a906c44a96fe84134bf4346adf11c (this is the above example)
C        e3648b8960967463784818c3eee57246
TTT      6028a90b05775905ef1a00e7a45463c5
TAGCAT   3b834d2b7b9adc4113ffabd52d354c41
GATTACA  a19463f965c641d071e07da59d64a418

मुझे पता है अगर आपको लगता है कि इनमें से कोई भी गलत है।

यदि आप अनिश्चित हैं कि अपने परिणामों की हैश को मज़बूती से कैसे जांचें, तो यह ऑनलाइन एमडी 5 जनरेटर आज़माएं । सुनिश्चित करें कि कोई अनुगामी रेखा विराम नहीं है।

आगे के नोट्स

आप कर सकते हैं आगे या पीछे रिक्त स्थान का उपयोग आप मनचाहे ढंग से। बेशक, यदि आप अग्रणी स्थानों का उपयोग करते हैं तो प्रत्येक पंक्ति में समान राशि होनी चाहिए।

यदि मैंने रासायनिक संरचना की नकल करने में कोई गलती की है, तो उपरोक्त टेम्पलेट्स अभी भी इस चुनौती के उद्देश्यों के लिए आदर्श हैं।

आप एक फ़ंक्शन या एक प्रोग्राम लिख सकते हैं जो इनपुट स्ट्रिंग को पैरामीटर के रूप में लेता है , कमांड लाइन तर्क STDIN के माध्यम से या यह एक चर में संग्रहीत होने की उम्मीद करता है। परिणामस्वरूप ASCII कला को STDOUT में लिखें।

यह कोड गोल्फ है, इसलिए सबसे छोटा उत्तर (बाइट्स में) जीतता है।

code-golf  ascii-art  kolmogorov-complexity  chemistry 
— मार्टिन एंडर
स्रोत
अद्भुत चुनौती!
— रे
9
GATTACA की आवश्यकता होनी चाहिए
— केविन
1
@ केविन मैंने पहले भी इसके बारे में सोचा था, इसलिए मैंने इसे अब जोड़ा। ;) मैंने इसके लिए हैश भी तय किया TTTक्योंकि स्ट्रिंग में एक अनुगामी न्यूलाइन थी।
— मार्टिन एंडर
आप md5 चेकसम कैसे प्राप्त करते हैं? मैंने आपके ATGआउटपुट को कॉपी किया और अलग-अलग चेकसम प्राप्त किया। और अलग-अलग OS को अलग-अलग चेकसम मिलेंगे। आप इन के साथ कोशिश कर सकते हैं unix2dos, unix2mac...।
— रे
@ मैं उन्हें Digest::MD5.hexdigest()यूनिक्स-स्टाइल लाइन एंडिंग्स के साथ रूबी का उपयोग करके मिला । इसके अलावा, उनमें से कोई भी एक अनुगामी नई रेखा नहीं है। इसे यहां पेस्ट करें - यह ऑनलाइन एमडी 5 जनरेटर मेरी हैश से सहमत है।
— मार्टिन एंडर

जवाबों:

2

पर्ल 5 (510)

अशक्त बाइट्स के साथ पर्ल का जुर्माना, इसलिए इसे चलाने के लिए दिए गए हेक्सडंप का उपयोग करें।

यह डीएनए स्ट्रैंड के विभिन्न हिस्सों को प्रिंट करके काम करता है, जिसमें एक या अधिक लाइनें होती हैं। मान्य आउटपुट सुनिश्चित करने के लिए प्रत्येक घटक की शीर्ष पंक्ति में O या H जोड़ा जाता है।

मान लिया गया है कि चर में इनपुट है $_।

गोल्फ संस्करण: 

use Compress::Zlib;@f=(eval uncompress q+xœÍUËnà ¼ó{³””¬”slqäù |xšÅ<
MÔv¤(1b¼;Ì„]8× `?CÐË×ÂÜ/¥À—¼ÃÍ"6p!ÇvDÿ@k
‘®^ÝÀ
²>ÈB$ì¡ÌHBýi`ã\qþˆRn^‚¢6WéJ±íRCXÀ\Cj[­ëzÖKg-µ€˜*Rt®abš3‘ª¤°È†"]ÖSX‰G2ôœÂV<<#9_ÐŽG´8Oa3uE'ÇC%…¹—tLºšÂBCQ‹¡NÈ»*/
V×AÛVÔÖAr©KûÊhát°DÃÁZÿÁ>;       kM‚2(9áýIP
t'A”¿žg
q­= Š[~y̲ùNÇsNsŽŽGל:IÏqŠÙl)˜ùð
ì…çÎÁ«:eôu?<(-  é æ ŽRxNSÜAM1• —)š—%+);s/./$y.=$f[$u?8:9].$f[$q=(-65+ord$&)%15].($u++?"    O":H).$f[$q+1]/ge;($y.=$f[10])=~s/@/\\/g;print$y

Ungolfed संस्करण: 

use Compress::Zlib;
# load parts to @f; see below for list of parts
@f=(eval uncompress q+ .... +);
# for each chracater in input ($_)
s/./
    # append either the one or two backbone molecules
    # then append most of the first line of the base, followed by an O or H
    # then append the rest of the base
    $y .= $f[$u?8:9] . $f[$q = (-65+ord$&)%15] . ($u++?"    O":H) . $f[$q+1]
/ge;
# append the last backbone molecule, then replace
#  @ with \
($y .= $f[10])=~s/@/\\/g;
print $y

(-65+ord$&)%15आसानी से परिणाम A=>0, C=>2, T=>4, G=>6, जो कार्यक्रम के रूप में एकदम सही है प्रत्येक अक्षर के लिए सरणी में दो तत्वों की आवश्यकता होती है।

केंद्र भाग, शीर्ष भाग और निचला भाग 8-10उस क्रम में सूचकांकों में संग्रहीत किया जाता है ।

भागों की सूची (भागने के एक टन से बचने के लिए @ के बजाय @ का उपयोग करता है):

'--O   O                                        O',
'
     /                                         |
    <            N      NH2 ..... O      *     |
     @         // @    /           @@   /      |
      +--O    //   ----             ----       |
      |   @   |   //  @@           /   @@      |
      |    >--N--<      N ...... HN      >  ---+
      |   /       @    /           @    /  /   |
      +---         N===             ---N--<    |
      |                            //      @   |
      |                           O         O--+
      |                                         @
      |                                          >
',
'--O   O            NH2 ..... O      N          O',
'
     /            /           @@   / @@        |
    <         ----             ----   @@    ---+
     @       //  @@           /   @@   |   /   |
      +--O  <      N ...... HN      >--N--<    |
      |   @  @    /           @    /       @   |
      |    >--N---             ===N         O--+
      |   /      @@           /                 @
      +---         O ..... H2N                   >
',
'--O   O     *      O ..... H2N      N          O',
'
     /       @   //           @    / @@        |
    <         ----             ----   @@    ---+
     @       //   @           //  @@   |   /   |
      +--O  <      NH ...... N      >--N--<    |
      |   @  @    /           @    /       @   |
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'      |                                         /
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  @@ /                                          @ /
    P                                            P
   / @                                          / @@
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' O    O--
  @@ /
    P
   / @
',
'      |                                         /
      OH                                       O   O--
                                                @ /
                                                 P
                                                / @@
                                             --O    O'

Hexdump:

0000000 7375 2065 6f43 706d 6572 7373 3a3a 6c5a
0000010 6269 403b 3d66 6528 6176 206c 6e75 6f63
0000020 706d 6572 7373 7120 782b cd9c cb55 c36e
0000030 1020 f3bc 7b15 94b3 ac94 7394 716c 04e4
0000040 20f9 7c7f 9a78 3cc5 4d0a 76d4 28a4 6231
0000050 3bbc 84cc 385d 00d7 3f60 d043 d7cb dcc2
0000060 1c2f c0a5 08ee ba0f c2a4 bc97 cdc3 3622
0000070 2170 1004 76c7 ff44 6b40 910a 0216 ae01
0000080 8d5e 0fdd 0dc0 3eb2 42c8 ec24 cca1 481e
0000090 9042 08fd 8169 6012 5ce3 fe71 5288 5e6e
00000a0 0c82 36a2 e957 084a edb1 4352 c058 435c
00000b0 5b6a ebad d67a 4b10 2d67 80b5 2a98 108d
00000c0 1052 ae74 0c61 9a62 1b01 9133 a4aa c8b0
00000d0 2286 d65d 5853 4789 f432 c29c 3c56 233c
00000e0 1839 d05f 478e 38b4 614f 1e33 0775 2745
00000f0 c71e 2543 b985 1306 7497 ba4c c29a 4342
0000100 510e a18b 4e0e bbc8 082a 0715 0d2f d756
0000110 db41 5616 7fd4 41d6 a972 4b10 0efb 68ca
0000120 7fe1 b074 c344 1ec1 ff5a 1ec1 3b3e 1a09
0000130 6b09 824d 2832 e139 49fd 0f50 740a 4127
0000140 9411 9ebf 6704 710d 3dad 8a09 175b 797e
0000150 cc12 90b2 4ef9 73c7 4e0b 7311 8e8e d747
0000160 1b9c 493a 71cf d98a 296c f998 0df0 85ec
0000170 cee7 abc1 1a3a f465 3f75 283c 2d07 0907
0000180 a0e9 20e6 528e 7813 534e 41dc 314d 95c2
0000190 97a0 2917 979a 2b25 3b29 2f73 2f2e 7924
00001a0 3d2e 6624 245b 3f75 3a38 5d39 242e 5b66
00001b0 7124 283d 362d 2b35 726f 2464 2926 3125
00001c0 5d35 282e 7524 2b2b 223f 2020 2020 224f
00001d0 483a 2e29 6624 245b 2b71 5d31 672f 3b65
00001e0 2428 2e79 243d 5b66 3031 295d 7e3d 2f73
00001f0 2f40 5c5c 672f 703b 6972 746e 7924
00001fe
— es1024
स्रोत
क्या आप एक बार में बच गए संस्करण के साथ सभी बैक स्लैश को बदल सकते हैं? जब यह @ से भरा हो तो आउटपुट को आंकना मुश्किल है।
— ट्राइकोप्लाक्स
@githubphagocyte s/@/\\/gमुद्रण के पूर्व ठीक वैसा ही करता है। भागों की सूची केवल यह दिखाने के लिए मौजूद है कि संपीड़ित डेटा क्या है।
— es1024
5

अजगर 3, 1008

छोटे ब्लॉक को डिकम्पोजिट करें और फिर अजगर की ज़ालिब का उपयोग करके संपीड़ित करें और asii85 एन्कोडिंग के साथ बाइनरी डेटा को एनकोड करें। संपीड़ित करने से पहले, आकार 629 है और संपीड़न और एन्कोडिंग के बाद, आकार 260 है।

छोटे ब्लॉक:

    N      NH2            NH2 ...   *      O .....      N      O ..     O    O              ---+        
  // \    /              /           \   //           // \   //          \\ /              /   |        
 //   ----           ----             ----           //   ----             P            --<    |        
 |   //  \\         //  \\           //   \          |   //   \           / \              \   |        
 N--<      N ..    <      N .....   <      NH ....   N--<      NH .    --O   O              O--+        
     \    /         \    /           \    /              \    /             /                   \       
      N===           N---             N---                N===             <                     >      
                        \\               \\                   \             \                   /       
                          O .....          O                   NH2           +--O              O   O--  
                                                                             |   \              \ /     
                                                                             |    >--            P      
                                                                             |   /              / \\    
                                                                             +---              O    O

कार्यक्रम STDIN से पढ़ता है। इसमें प्रत्येक पंक्ति के अंत में अनुगामी स्थान हो सकता है और अंत में खाली रेखाएं हो सकती हैं।

import zlib,base64
D=input()
B=b'GasbU3tfFR$q,H5@dA9CAl@Bd?/ZcRUN$!!66MJ3&IN+RbL6[r)7K,3-8;3.^a\'7XZD_Lh;(7`.g>%[1,o(<9L\\neaPK"9^lCg7teknAd\\HXFNbL!)l/pG]YNpRS-C]sXR5A[A[#C&pnT;I-Q$Bj@n$L"ODZk8M_YcM#\\5PaLq3@UfJmfm[)$+#H,A\\B+b`mL9^OQ/cET-@`YRD_DJ6mXMD">9HHep\\%LnL8&\\G?fDdbs20%[J\'jMG[Qp'
B=[b.split('\n')for b in zlib.decompress(base64.a85decode(B)).decode().split('\n\n')]
C=dict(zip('/\\<>', '\\/><'))
a=[(6,14),(6,28),(10,40)]
b=[(4,12),(4,26),(6,40)]
P=[a,b,b,a]
H=[18,14,14,18]
J=''.join
R=range
L=len
F=[[' ']*54 for _ in R(5+18*L(D))]
e=enumerate
y=0
def t(b,p):
 for i,r in e(b):
  for j,c in e(r):
   if' '!=c:F[y+p[0]+i][p[1]+j]=c
O=['OH']
U=['--']
t(O,(4,47))
t(U,(0,7))
for i in map('ACTG'.index,D):
 a,b,c=P[i];t(B[4],(0,0));t(B[i],a);q=B[(i+2)%4];t([J(C.get(z,z)for z in l[::-1]).replace('2HN', 'H2N')for l in[r+' '*(max(map(L,q))-L(r))for r in q]],b);t(B[5],c)
 for j in R(y+13,y+H[i]):F[j][6]='|'
 for j in R(y+5,y+c[0]):F[j][47]='|'
 y+=H[i]
t(O,(0,6))
t(U,(4,45))
for l in F:print(J(l))

इस स्क्रिप्ट का उपयोग करके चेकसम का मिलान किया गया

और यहाँ ungolfed संस्करण है:

import zlib, base64

flip_char_map = dict(zip('/\\<>', '\\/><'))

def flip_char(c):
    return flip_char_map.get(c, c)

def pad(block):
    w = max(map(len, block))
    return [line + ' ' * (w - len(line)) for line in block]

def flip(block):
    return [''.join(map(flip_char, line[::-1])).replace('2HN', 'H2N') for line in pad(block)]

blocks = b'GasbU3tfFR$q,H5@dA9CAl@Bd?/ZcRUN$!!66MJ3&IN+RbL6[r)7K,3-8;3.^a\'7XZD_Lh;(7`.g>%[1,o(<9L\\neaPK"9^lCg7teknAd\\HXFNbL!)l/pG]YNpRS-C]sXR5A[A[#C&pnT;I-Q$Bj@n$L"ODZk8M_YcM#\\5PaLq3@UfJmfm[)$+#H,A\\B+b`mL9^OQ/cET-@`YRD_DJ6mXMD">9HHep\\%LnL8&\\G?fDdbs20%[J\'jMG[Qp'
blocks = [b.split('\n') for b in zlib.decompress(base64.a85decode(blocks)).decode().split('\n\n')]

poss = [
    [(6, 14), (6, 28), (10, 40)],
    [(4, 12), (4, 26), (6, 40)],
    [(4, 12), (4, 26), (6, 40)],
    [(6, 14), (6, 28), (10, 40)],
]

heights = [18, 14, 14, 18]

get_id = 'ACTG'.index
dna = input()
height = sum(heights[get_id(x)] for x in dna)
field = [[' '] * 54 for _ in range(height + 5)]

def put(block, pos):
    i, j = pos
    for di, row in enumerate(block):
        for dj, c in enumerate(row):
            if c != ' ': field[y + i + di][j + dj] = c

y = 0
put(['OH'], (4, 47))
put(['--'], (0, 7))
for p in dna:
    i = get_id(p)
    h = heights[i]
    pos = poss[i]
    put(blocks[4], (0, 0))
    put(blocks[i], pos[0])
    put(flip(blocks[(i + 2) % 4]), pos[1])
    put(blocks[5], pos[2])
    for j in range(y + 13, y + h):
        field[j][6] = '|'
    for j in range(y + 5, y + pos[2][0]):
        field[j][47] = '|'
    y += h
put(['OH'], (0, 6))
put(['--'], (4, 45))

for line in field: print(''.join(line).rstrip())

from hashlib import md5
import sys
result = '\n'.join(map(str.rstrip, map(''.join, field))).encode()
print(md5(result).hexdigest(), file=sys.stderr)
— रे
स्रोत
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